Когда Никита подрос, отец отдал его учиться грамоте. Выучившись читать, Никита захотел изведать всю мудрость Божественного писания, которое, по тогдашнему строю понятий, было важнейшим предметом Он удалился в монастырь Макария Желтоводского, нашел какого-то ученого старца и прилежно занялся чтением священных книг. 

Вскоре один за другим умерли его мачеха, отец и бабка. Оставшись единственным хозяином в доме, Никита женился, но его неудержимо влекли к себе церковь и богослужение Будучи человеком грамотным и начитанным, он начал искать себе места и вскоре был посвящен в приходские священники. Ему тогда было не более 20 лет от роду. От жены он имел троих детей, но все они умерли один за другим еще в малолетстве.

 Это обстоятельство сильно потрясло впечатлительного Никиту Он принял смерть детей за небесное указание, повелевающее ему отрешиться от мира, и решил удалиться в монастырь Жену он уговорил постричься в московском Алексеевском монастыре, дал за нею вклад, оставил ей денег на содержание, а сам ушел на Белое море и постригся в Анзерском ските под именем Никона. 

Ему было тогда 30 лет Житие в Анзерском ските было трудное Братия, которой было не более Двенадцати человек, жила в отдельных избах, раскинутых по острову, и только по субботам вечером сходилась в церковь. Богослужение продолжалось целую ночь; братия выслушивали весь псалтырь, с наступлением дня совершалась литургия, потом все расходились по своим избам. Над всеми был начальный старец по имени Елеазар.

 Некоторое время Никон покорно подчинялся ему, Но потом между ними начались ссоры и несогласия. Тогда Никон перебрался в Кожеозерскую пустынь, находившуюся на островах Кожеозера, и по бедности отдал в монастырь (туда не принимали без вклада) свои последние богослужебные книги. По своему характеру Никон не любил жить с братией и предпочитал свободное уединение. Он поселился на особом острове и занимался там рыбной ловлей. Спустя немного времени тамошняя братия избрала его своим игуменом. На третий год после своего поставления, а именно в 1646 г., он отправился в Москву и здесь явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклонами к царям настоятели всех монастырей.

 Алексею до такой степени понравился кожеозерский игумен, что он тотчас велел ему остаться в Москве, и, по царскому желанию, патриарх Иосиф посвятил его в сан архимандрита Новоспасского монастыря. Место это было особенно важно, и архимандрит этого монастыря скорее, чем другие, мог приблизиться к государю: здесь была родовая усыпальница Романовых; набожный царь часто приезжал туда молиться за упокой своих предков и давал на монастырь шедрое жалование. Во время каждой из таких поездок Алексей подолгу беседовал с Никоном и чувствовал к нему все более расположения. Известно, что Алексей Михайлович принадлежал к разряду таких людей, которые не могут жить без сердечной дружбы, и легко привязывался к людям. 

Он велел Никону каждую пятницу ездить к нему во дворец. Беседы с архимандритом западали ему в душу. Никон, пользуясь расположением государя, стал просить его за утесненных и за обиженных. 1 Алексей Михайлович дал ему поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и управы на неправду судей. Никон отнесся к этому поручению очень серьезно, с большим тщанием исследовал все жалобы и вскоре приобрел славу доброго защитника и всеобщую любовь в Москве.
В 1648 г. скончался новгородский митрополит Афанасий. Царь, избирая ему преемника, предпочел всем другим своего любимца, и бывший тогда в Москве иерусалимский патриарх Паисий по царскому желанию рукоположил Новоспасского архимандрита в сан новгородского митрополита. Этот сан был вторым по значению в русской иерархии после патриаршего. Сделавшись новгородским владыкой, Никон впервые показал свой суровый властолюбивый нрав. Тогда же он сделал первые шаги к исправлению богослужения.

 В те годы церковная служба отправлялась на Руси нелепо: боясь пропустить что-нибудь из установленного ритуала, в церкви для скорости разом читали и пели в дватри голоса разное: дьячок читал, дьякон говорил ектению, а священник возгласы, так что слушающим ничего нельзя было понять. Никон велел прекратить этот обычай, не взирая на то, что его распоряжение не понравилось ни духовным, ни мирянам: с установлением правильного порядка службы удлинялось богослужение, а многие русские того века, хотя и считали необходимым бывать в церкви, не любили оставаться там долго. Для благочиния Никон заимствовал киевское пение. Каждую зиму он приезжал в Москву со своими певчими, от которых царь был в искреннем восторге.
В 1650 г. во время новгородского бунта горожане показали сильную нелюбовь к своему митрополиту: когда тот вышел уговаривать мятежников, его принялись бить и закидывать камнями, так что едва не забили до смерти.
Никон, однако, просил царя не гневаться на виновных. В 1652 г. после смерти патриарха Иосифа духовный собор в угоду царю избрал Никона патриархом.
Никон упорно отказывался от этой чести до тех пор, пока сам царь в Успенском соборе на виду бояр и народа не поклонился Никону в ноги и не умолил его со слезами принять патриарший сан. 

Но и тогда он посчитал нужным обговорить свое согласие особым условием. «Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховного, и дадут ли мне устроить Церковь?» — спросил Никон. Царь, а за ним власти духовный и бояре поклялись в этом. Только после этого Никон согласился принять сан.
Просьба Никона не была пустой формальностью. Он занял патриарший престол, имея в голове сложившуюся систему взглядов на Церковь и государство и с твердым намерением придать русскому православию новое, не виданное прежде значение. 

Вопреки явно обозначившейся с середины XVII века тенденции к расширению прерогатив государственной власти за счет церковной (что должно было в конце концов привести к поглощению Церкви государством), Никон был горячим проповедником симфонии властей. В его представлении светская и духовная сферы жизни ни в коей мере не смешивались друг с другом, а напротив — должны были сохранять, каждая в своей области, полную самостоятельность. Патриарх в религиозных и церковных вопросах должен был стать таким же неограниченным властителем, как царь в мирских.
В предисловии к служебнику 1655 г.

 Никон писал, что Бог даровал России «два великих дара» — царя и патриарха, которыми все строится как в Церкви, так и в государстве. Впрочем, и на светскую власть он смотрел через призму духовной, отводя ей только второе место. Архиерейство он сравнивал с солнцем, а царство — с месяцем и пояснял это тем, что церковная власть светит душам, а царская — телу. Царь, по его понятиям, был призван от Бога удержать царство от грядущего антихриста, и для этого ему надлежало снискать Божию благодать. Никон, как патриарх, должен был стать учителем и наставником царя, ибо, по его мысли, государство не могло пребывать без высших, регулирующих его деятельность, церковных идей.
Вследствие всех этих соображений Никон без малейшего смущения, как должное, принял офомную власть, которую Алексей Михайлович охотно предоставил ему в первые годы его патриаршества. Сила и влияние Никона в это время были огромны. 

Отправляясь в 1654 г. на войну в Малороссию, Алексей Михайлович доверил патриарху свою семью, столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах. Во время двухлетнего отсутствия царя Никон, официально принявший титул великого государя, единолично управлял всеми государственными делами, причем знатнейшие бояре, ведавшие различными государственными приказами, должны были ежедневно являться к нему со своими докладами. Нередко Никон заставлял бояр долго ждать своего приема на крыльце, хотя бы в это время был сильный холод; принимая их, он выслушивал доклады стоя, не сажая докладчиков, и заставлял их делать ему земной поклон. Все боялись патриарха — ничего важного не делалось без его совета и благословения, В церковных делах Никон был таким же неограниченным самовластием, как в государственных. В соответствии со своими высокими представлениями о значении Церкви в жизни общества, он принимал строгие меры к поднятию Дисциплины духовенства. 

Он всерьез хотел сделать из Москвы религиозную голицу, подлинный «третий Рим» для всех православных народов. Но чтобы Русская Церковь отвечала своему назначению, она должна была стать в уровень с веком относительно просвещения. Никон очень старался о повышении культурного уровня духовенства: он завел библиотеку с сочинениями греческих и римских классиков, мощной рукой насаждал школы, устраивал типографии, выписывал киевских ученых для перевода книг, устраивал школы художественной иконописи и наряду с этим заботился о благолепии богослужения. Вместе с тем он стремился восстановить полное согласие русской церковной службы с греческой, уничтожая все обрядовые особенности, которыми первая отличалась от второй. Это была застарелая проблема — о ней уже несколько десятилетий вели разговоры, но никак не могли приступить к ее разрешению. Дело на самом деле было очень сложным. 

Испокон веков русские православные пребывали в полной уверенности, что сохраняют христианское богослужение в полной и первозданной чистоте, точно таким, каким оно было установлено отцами церкви. Однако восточные иерархи, все чаще наезжавшие в Москву в XVII веке, стали укоризненно указывать русским церковным пастырям на многочисленные несообразности русского богослужения, могущие расстроить согласие между поместными православными церквами. В русских богослужебных книгах они замечали многочисленные разночтения с греческими. 

Отсюда возникала мысль о вкравшихся в эти книги ошибках и о необходимости найти и узаконить единообразный правильный текст.
В 1653 г. Никон собрал с этой целью духовный собор русских иерархов, архимандритов, игуменов и протопопов. Царь со своими боярами присутствовал на его заседаниях. Обратившись к собравшимся, Никон прежде всего привел грамоты вселенских патриархов на учреждение московского патриаршества (как известно, это произошло при царе Федоре Ивановиче в самом конце XVI века). 

Патриархи указывали в этих грамотах на некоторые отклонения в русском богослужении от тех норм, что установились в Греции и других восточных православных странах. После этого Никон сказал: «Надлежит нам исправить как можно лучше все нововведения в церковных чинах, расходящиеся с древними славянскими книгами.

 Я прошу решения, как поступать:, последовать ли новым московским печатным книгам, в которых от неискусных переводчиков и переписчиков находятся разные несходства и несогласия с древними греческими и славянскими списками, а прямее сказать, ошибки, — или же руководствоваться древним, греческим и славянским текстом, так как они оба представляют один и тот же чин и устав?» На этот вопрос собор дал ответ: «Достойно и праведно исправлять, сообразно старым харатейным и греческим спискам». 

Никон поручил исправление книг киевскому монаху-книжнику Епифанию Славинецкому и греку Арсению. Всем монастырям было дано указание собирать старые харатейные списки и присылать их в Москву. Арсений, не жалея издержек, привез с Афона до пятисот рукописей, из которых некоторым приписывали глубокую древность. Вскоре собрали новый собор, на котором было постановлено, что отныне следует креститься тремя, а не двумя перстами, а на тех, кто крестится двумя перстами, было возложено проклятие.
Затем был издан новый служебник с исправленным текстом, тщательно сверенным с греческим. В апреле 1656 г. созвали новый собор, утвердивший все внесенные изменения. Впрочем, уже здесь явились ярые противники реформы, с которыми Никон начал непримиримую борьбу: их лишили сана и сослали.

 Протопоп Аввакум, самый яростный противник нововведений, был отправлен вместе с женой и семьей в Даурию. Но оказалось, что это были только первые признаки неповиновения. Когда новые богослужебные книги вместе со строгим приказом креститься тремя перстами дошли до местных священников, ропот поднялся сразу во многих местах. В самом деле, кроме того, что двоеперстие заменилось троеперстием, все богослужебные чины стали короче, причем оказались выброшенными многие песнопения и формулы, которым придавался особенный магический смысл. Литургия вся была переделана, хождение на крестных ходах установлено против солнца, имя Исус исправлено в Иисус. Подвергся правке даже текст символа веры. 

В то время, когда обрядовой стороне религии придавалось огромное значение, такая перемена не могла показаться пустым делом. Многие рядовые монахи и попы пришли к убеждению, что прежнюю православную веру пытаются заменить другой. Новые книги отказывались принимать к действию и служили по старым. Соловецкий монастырь, исключая немногих старцев, одним из первых воспротивился этому нововведению. Его пример придал силы противникам Никона.
Патриарх обрушил на ослушников жестокие репрессии.

 В ответ со всех сторон к царю пошли жалобы на своеволие и лютость патриарха, его гордыню и своекорыстие. Он мог, например, дать приказ собрать со всех церквей Московского государства 500 голов лошадей и преспокойно разослать их по своим вотчинам; он ввел новый оклад патриаршей пошлины, повысив ее до таких пределов, что, по свидетельству одного челобитчика, «татарским абызам жить гораздо лучше», помимо этого Никон требовал экстренных взносов на затеянную им постройку Нового Иерусалима и других монастырей. О его гордом и жестоком обращении с клириками, приезжавшими в Москву, ходили негодующие рассказы — для него ничего не стоило посадить священника на цепь за какую-нибудь незначительную небрежность в исполнении своих обязанностей, мучить его в тюрьме или сослать куда-нибудь на нищенскую жизнь.
Возле Алексея Михайловича также было много бояр — недругов Никона.

 Они негодовали на патриарха за то, что он постоянно вмешивался в мирские дела, и твердили в один голос, что царской власти уже не слыхать, что посланцев патриарших боятся больше, чем царских, что великий государь патриарх не довольствуется уже равенством власти с великим государем царем, но стремится превысить ее, вступает во все царские дела, памяти указные и приказы от себя посылает, дела всякие без указа государя из приказов берет, многих людей обижает. Усилия недоброжелателей не остались тщетны: не ссорясь открыто с Никоном, Алексей Михайлович начал постепенно отдаляться от патриарха. По мягкости характера он долго не решался на прямое объяснение, однако на место прежней дружбы пришли натянутость и холодность.
Летом 1658 г. наступила уже явная размолвка — царь несколько раз не пригласил патриарха на придворные праздники и сам не присутствовал на его богослужениях. Потом он послал к нему своего спальника князя Ромодановского с повелением, чтобы Никон больше не писался великим государем.
Уязвленный этим Никон отрекся от патриаршей кафедры, вероятно, рассчитывая. что кроткий и набожный царь испугается и поспешит примириться с первосвятителем. Отслужив литургию в Успенском соборе, он снял с себя мантию и ушел пешком на подворье Воскресенского монастыря. 

Там он пробыл два дня, быть может ожидая, что царь позовет его или захочет с ним объясниться, но Алексей хранил молчание. Тогда Никон, будто забыв о патриаршестве, стал деятельно заниматься каменными постройками в Воскресенском монастыре: копал пруды, разводил рыбу, строил мельницы, рассаживал сады и расчищал леса, во всем показывая пример рабочим и трудясь наравне с ними.
С отъездом Никона в Русской Церкви наступила смута. Вместо ушедшего со своего престола патриарха следовало избрать нового. Но поведение Никона не допускало этого. По прошествии некоторого времени он уже раскаивался в своем поспешном удалении и опять стал предъявлять претензии на патриаршество. «Я оставил святейший престол в Москве своею волею, — говорил он, — московским не зовусь и никогда зваться не буду; но патриаршества я не оставлял, и благодать Святого Духа от меня не отнята». Эти заявления Никона сильно смутили царя и должны были смутить многих, даже и не врагов Никона: теперь нельзя было приступить к избранию нового патриарха, не решив вопроса: в каком отношении он будет находиться к старому? 

Для рассмотрения этой проблемы в 1660 г. был созван собор русского духовенства. Большинство архиереев были против Никона и постановили лишить его сана, но меньшинство доказывало, что поместный собор не имеет такой власти над патриархом. Царь Алексей согласился с доводами меньшинства, и Никон сохранил сан. Но это так запутало дело, что оно могло быть разрешено только международным советом.
В начале 1666 г. в Москве собрался «великий собор», на котором присутствовало два греческих патриарха (Александрийский и Антиохийский) и 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока.
Суд над Никоном длился более полугода. Собор сначала ознакомился с делом в его отсутствие. Затем призвали самого Никона, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. 

Никон сначала не хотел являться на судилище, не признавая над собой власти александрийского и антиохийского патриархов, потом, в декабре 1666 г., все же приехал в Москву, но держал себя гордо и неуступчиво: вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. Собор единогласно осудил Никона, лишил его патриаршего сана и священства. 

Обращенный в простого инока, он был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белого озера.
Здесь его несколько лет содержали с большой строгостью, почти как узника, но в 1671 г. Алексей велел снять стражу и позволил Никону жить без всякого стеснения. Тогда Никон отчасти примирился со своей судьбой, принимал от царя содержание и подарки, завел собственное хозяйство, читал книги и лечил больных

 С годами он стал постепенно слабеть умом и телом, его стали занимать мелкие дрязги: он ссорился с монахами, постоянно был недоволен, ругался без толку и писал царю доносы. После смерти в 1676 г. Алексея Михайловича положение Никона ухудшилось — его перевели в Кирилле-Белозерский монастырь под надзор двух старцев, которые должны были постоянно жить с ним в келий и никого к нему не пускать. Только в 1681 г., уже тяжелобольного и дряхлого, Никона выпустили из заточения. По дороге в Москву на берегу Которосли он умер. 

Тело его привезли в Воскресенский монастырь и там похоронили. Царь Федор Алексеевич присутствовал при этом.
Никоновские преобразования оказали сильное влияние на общество. Следствием их стал великий раскол в Русской Православной Церкви, который быстро, словно пожар, распространился по всей России. 

К расколу как к знамени примкнули все недовольные светскими и духовными властями. Многие десятилетия эта жестокая религиозная и социальная распря оставалась главным мотивом внутренней русской истории.