Он решился уничтожить этот род и всех сыновей Никиты разослал в 1601 г в тяжелое заключение. Александр, Василий и Михаил Никитичи не пережили царской опалы. Летописцы говорят, что Александра удавили в ссылке, у берегов Белого моря. 

Василий и Иван были посланы в Пелым. Борис велел содержать их строго, однако не мучить Но слуги Бориса показали более усердия, чем он, повидимому, от них требовал. Василий вскоре умер от дурного обращения приставов Михаила Никитича держали в земляной тюрьме в Ныробской волости в окрестности Чердыни. 

Более всех братьев выказывал ума и дарований Федор Никитич Он отличался приветливым обращением, был любознателен, изучил даже латинский язык. Никто лучше его не умел ездить верхом; никто в Москве не одевался так нарядно и щеголевато, как он. Современник голландец говорит, что если портной, сделавши кому-нибудь платье и примерив, хотел похвалить, то говорил своему заказчику: теперь ты совершенный Федор Никитич.

 Этого-то первого московского щеголя, человека красивого, ловкого, чрезвычайно любимого народом, насильно постригли в Сийском монастыре под именем Филарета и приставили к нему пристава Воейкова, который должен был наблюдать за каждым его шагом, прислушиваться к каждому его слову и обо все доносить Годунову. 

Филарет, как следует из его писем, сильно грустил и тосковал о семье. Но в 1605 г., когда разгорелась борьба Годунова с Самозванцем, Филарет вдруг изменился и стал смело отгонять от себя палкою тех монахов, которые приходили следить за ним. Воейков доносил на него в таких словах: «Живет старец Филарет не по монастырскому чину, неведомо чему смеется; все говорит про птиц ловчих, да про собак, как он в миру живал. 

Старцев бранит и бить хочет и говорит им: Увидите, каков я вперед буду». В самом деле, воцарение царевича Дмитрия избавило оставшихся в живых двух братьев Романовых от тяжелой ссылки и сделало их вновь знатными людьми в государстве. Иван Романов возведен был в боярское звание, а Филарет получил сан ростовского митрополита. Несколько лет он провел в своей епархии в Ростове. Здесь узнал он о смерти первого Самозванца, о воцарении Василия Шуйского и о появлении второго Лжедмитрия, прозванного в народе «тушинским вором».

 Этот новый претендент на русский престол набрал при помощи поляков большое войско, подступил к Москве и начал осаду. Когда русские города из ненависти к Шуйскому один за другим стали признавать Тушинского вора, Филарет некоторое время удерживал Ростов в повиновении московскому правительству. Вор узнал об этом, приказал достать Филарета и привезти в свой стан. 11 октября 1608 г. переславцы с некоторыми из тушинцев напали врасплох на Ростов. Филарет облачился в архиерейские одежды и стал в церкви с народом. Когда переславцы ворвались в церковь, Филарет начал уговаривать их не отступать от законной присяги. 

Но переславцы не послушались, перебили множество людей, надругались над святынями, сорвали с митрополита святительские одежды, надели на него сермягу, покрыли ему голову татарской шапкой и повезли в Тушино, в насмешку посадив с ним какую-то женщину. Лжедмитрий, впрочем, принял его с почетом и даже нарек патриархом. Филарет должен был из Тушино рассылать грамоты по своему патриаршеству, то есть по областям, признававшим Самозванца. «Филарет, — писал позже Аврамий Палицын, — был разумен, не склонялся ни направо, ни налево». Он отправлял богослужение и поминал Тушинского вора Дмитрием.

 Патриарх Гермоген, строгий к другим изменникам, старался оправдать Филарета и в своих воззваниях к народу писал о ростовском митрополите, что тот не своей волею, а по нужде находится в Тушине, и не порицал его за это, а молил за него Бога. В конце 1609 г. тушинский стан стал разваливаться, а сам вор бежал в Калугу. Филарет некоторое время оставался с поляками, а после низложения Шуйского летом 1610 г. отправился в Москву.

 Во время переговоров с Жолкевским он поддерживал патриарха и очень неодобрительно относился к избранию на русский престол королевича Владислава, но мнение его не было принято в расчет А короткое время спустя Филарет, по просьбе бояр и по благословению Гермогена, вместе с князем Василием Голицыным был поставлен во главе большого русского посольства. Послы должны были ехать под Смоленск и уговариваться с Сигизмундом о том, чтобы тот отправил своего сына на московский престол.

 Здесь-то Филарету и предстояло выдержать трудный подвиг. Сначала поляки приняли русское посольство очень любезно, но потом стали требовать, чтобы послы от себя приказали смолянам сдать их город королю.

 Споры об этом продолжались долгое время. Филарет с товарищами доказывал, что это противно заключенному договору, а более всего указывал на то, что посольство не имеет права поступать так без совета с патриархом и со всею русскою землей. Никакие принуждения и угрозы поляков не заставили посольство исполнить волю короля; Филарет более всего призывал своих товарищей быть стойкими. Тогда поляки перестали совещаться с послами и на их глазах возобновили приступы к Смоленску. В феврале 1611 г. паны получили от московских бояр грамоту, в которой послам приказывалось сдать Смоленск и присягать на имя короля вместе с сыном. 

Послы, однако, отказались ее исполнять. «Эта грамота писана без патриаршего согласия, — сказал Филарет, — хотя бы мне смерть принять, я без патриаршей грамоты о крестном целовании на королевское имя никакими мерами ничего не буду делать». 26 марта канцлер Лев Сапега, узнав о том, что города русской земли по призыву Прокопия Ляпунова ополчаются против поляков, приказал взять послов под стражу. В апреле их отправили в Польшу, все имущество пограбили, а слуг перебили. Несколько лет Филарет прожил в доме Сапеги на положении пленника. Между тем в России происходили бурные события По призыву нижегородского старосты Кузьмы Минина начало формироваться новое ополчение, во главе которого встал князь Дмитрий Пожарский. Летом 1612 г. ополчение взяло Москву. 

Польский гарнизон, заключенный в Кремле, не выдержав голода, капитулировал. По призыву вождей ополчения в Москве собрался Земский собор и в начале 1613 г. избрал в цари шестнадцатилетнего сына Филарета — Михаила Федоровича Романова. Весть об избрании Михаила не столько обрадовала, сколько встревожила Филарета. Он говорил русскому послу в Варшаве Желябужскому: «Вы нехорошо сделали — меня послали от всего государства послом просить Владислава в цари, а сами избрали государем моего сына. Могли бы выбрать и другого, кроме моего сына. За это вы передо мной не правы, что сделали так без моего ведома».

Только в июле 1619 г. после заключения Деулинского перемирия Филарет был отпущен в Москву. Царь встретил его за городом при бесчисленном множестве народа и поклонился ему в ноги, а Филарет поклонился в ноги Царю, и оба лежали на земле, проливая слезы. В то время в Москве гостил патриарх Иерусалимский Феофан.

 По царскому прошению он 24 июля посвятил Филарета в сан московского патриарха. С возвращением Филарета в Москву положение новой династии сразу укрепилось. До сих пор царь Михаил, человек очень кроткого характера и мягкосердечный, был самодержцем только по имени. Окружавшие его бояре позволяли себе всякие своевольства. Все управление государством зависело от них. Филарет же сразу взял всю власть в свои руки.

 Он имел очень большое влияние не только на духовные, но и на светские дела Без его воли ничего не решалось и ничего не совершалось Иностранные послы являлись к нему как к государю Сам он, как и сын, носил титул великого государя, ы По свидетельству одного современника, не очень расположенного к патриарху, Филарет был роста и полноты средних, Божественное писание разумел только отчасти, нравом был опальчив и мнителен, так что и сам царь его боялся. Бояре и все думные и близкие к царю люди находились у него в повиновении, он был грозен для тех, кто решался идти против него, и тотчас отправлял строптивых в ссылку.

 Во всей патриаршей епархии монастыри со всеми их имениями были отданы в его управление Важные указы царя писались не иначе как со слов его отца. По другим известиям, отношения между сыном и отцом во все годы их совместного правления отличались большой нежностью и всегда носили характер почтительного уважения. Филарет участвовал в принятии большинства решений. Если какое-либо из них не встречало его предварительного согласия, оно или отменялось, или исправлялось Если патриарх отсутствовал, Михаил всегда спрашивал его мнение и постоянно сообщал ему о текущих делах. Одной из первых забот Филарета был созыв Земского собора, который должен был представить полное изображение разоренного состояния государства и сообщить меры, «чем московскому государству полниться, и устроить московское государство так, чтобы пришли все в достоинство» То, что было положено на соборе, Филарет исполнял потом с большой твердостью и настойчивостью Важнейшим государственным делом было налаживание финансовой системы. 

Заняв престол, Михаил убедился, что казна пуста, а податей никто не платит. Поначалу Романовым помогли Строгановы, давшие деньги в долг Потом стали взиматься некоторые налоги. Но еще долгие годы новый царь ощущал острую нужду в деньгах, ведь масса прежнего тяглого населения снялась с места и скиталась по всей стране, а пахотные земли лежали в запустении. Первым Романовым пришлось заботиться о возрождении земледелия и укреплении (по сути, создании заново) класса служилых людей По необходимости пришлось отступиться от прежней разборчивости в этом вопросе Верстали в службу дворянскую, не считаясь «с отечеством», годных людей даже из казаков, «которые от воровства отстали». Всех наделяли поместьями из дворовых и черных земель. С восстановлением поместного землевладения стало постепенно возрождаться земледелие. 

Но дело сильно замедлялось тем, что не хватало рабочих рук. Много сил потратили на закрепление массы гулящего люда и обращение его в тяглое население. На это ушло почти сто лет, но при Филарете и Михаиле тому было заложено важное основание Не случайно многие историки считают, что крепостное право сложилось как государственный институт именно в это время, и виной тому был не какой-то злой умысел, а податная политика государства Прошло много лет прежде, чем подати худобедно стали поступать в казну, а вместе с тем возродилось и дворянское войско.

 Царская власть, таким образом, получила реальные рычаги управления государством. К концу жизни Филарета Московское государство окрепло уже настолько, что ни внешние опасности, ни внутренние язвы не могли расшатать воздвигнутого из развалин политического здания. Огромная заслуга в этом важном созидательном деле принадлежала патриарху. 

Умер Филарет в октябре 1633 г