Смельчаки удалялись туда, селились и образовывали воинские братства по образу того, которое уже сложилось на Днепре под именем Запорожской Сечи. И там и здесь выборными начальниками были атаманы. Братства имели свой суд, свою казну и строили свою жизнь на принципах строго товарищества. Менее чем за век донские степи оказались густо заселены этим отважным и предприимчивым народом. 

Московские цари, начиная с Ивана Грозного, оценив казачью силу, стали оказывать поддержку пограничному воинству, награждая его то подарками, то милостивым словом, а позже — и царским жалованием, принимая часть казаков под свою руку. Эти «списочные» или реестровые казаки, попадая в разряд служилых людей, получали в пользование от государства земли, за которые не платили податей, но обязывались отбывать воинскую службу. 

Однако очень долго казачья обшина тяготела не к государственности, требовавшей крепких сдерживающих начал, а к «вольнице». Помимо государственных казаков во все это время на окраинах продолжали умножаться «гулящие» люди, которые управлялись сами собой и считали себя независимыми от царя. Здесь же находило приют множество опальных и беглых. В то время побеги были самым обычным и глубоко укоренившимся явлением русской жизни. 

Отягощенные тяжелыми поборами жители легко снимались с мест, перебегали под руку других хозяев или отправлялись на окраины страны, туда, где уже не было для них никаких государственных повинностей. Такие буйные ватаги из беглых людей со своими атаманами само правительство называло «воровскими» казаками. В большом количестве шайки таких казаков нашли себе приют на Волге. Они нападали на послов и купцов, не щадили и царские суда, отбирая казну и товары. Грабежи возрастали с каждым годом. Правительство посылало против разбойников воинские отряды с приказанием хватать и вешать их без суда.

 Однако повеления эти было нелегко исполнить — заслышав о приближении царских сил, казаки спешили укрыться в укромных местах. В 1579 г. несколько казачьих шаек под предводительством атаманов Ивана Кольцо, Барбоши и других напали на ногайский город Сарайчик и разорили его до основания. По жалобе ногаев Иван Грозный осудил Ивана Кольцо с товарищами на смерть. Но те, ловко избежав наказания, явились вскоре в пермской стране. В это время на северо-востоке Руси ярко проявили себя купцы Строгановы, которые варили соль, вели большой торг мехами с инородцами и привлекали к себе отовсюду переселенцев. 

Один за другим на берегах Камы и Чусовой они ставили свои городки и крепостицы. Продвигаясь все дальше на восток, Строгановы вскоре вошли в столкновение с зауральским краем. На берегах реки Тобола, Иртыша и Туры существовало тогда татарское царство, носившее название Сибири, с главным городом того же имени. 

Около 1556 г. у власти здесь утвердился хан Кучум. Он покорил остяков, вогуяичей и усиленно заботился о распространении в своем государстве магометанской веры. Со Строгановыми у Кучума были постоянные столкновения, в особенности после того как те получили от Ивана Грозного позволение нанимать ратных людей, строить свои городки во владениях хана на реке Тобол и заселять тамошнюю страну русскими. В 1579 г. на Каму, как уже говорилось выше, явилась казачья ватага, бежавшая с Волги от преследования царских войск. Строгановы пригласили всех этих разбойников к себе на службу, и те с радостью согласились.

 Всего их было 540 человек, и начальствовал над ними атаман Ермак Тимофеевич. Другие атаманы были: Иван Кольцо, Яков Михайлов, Никита Пан и Матвей Мещеряк. До сентября 1582 г. казаки составляли гарнизоны строгановских городков и помогали им защищаться от нападений туземцев. В сентябре 1582 г., благополучно отбившись от врагов, Строгановы отпустили Ермака и его людей в поход за Уральские горы. Всего под началом Ермака было 840 человек — 540 казаков и 300 строгановских ратников. Это маленькое войско, имевшее в своем распоряжении в избытке разные припасы, оружие и даже пушки, поплыло вверх по Чусовой до ее притока реки Серебряной. Отсюда казаки перетащили свои струги в Туру и стали спускаться по ней вниз. По пути им встретился городок, в котором правил данник Кучума Епанча. Люди этого князька никогда не видели огнестрельного оружия, и как только казаки дали по ним залп, разбежались. Победители разграбили город и отправились дальше к низовьям Тобола, повсюду устрашая и разгоняя выстрелами туземное население. Некоторые из беглецов поспешили к Кучуму и принесли ему весть о нашествии русских. 

По свидетельству летописей, они говорили хану: «Пришли воины с такими луками, что огонь из них пышет, а как толкнет, словно гром с небеси. Стрел не видно, — а ранит и на смерть бьет, и никакими сбруями нельзя защититься! И панцири и кольчуги наши навылет пробивают». Кучум оценил угрозу, собрал свое войско и стал на берегу Иртыша недалеко от устья Тобола, на горе, называемой Чувашево. Вперед он послал царевича Махметкула, который во главе десятитысячного конного войска внезапно напал на казаков на берегу Тобола вблизи урочища Бабасан.

 Казаки встретили татар огнем из пушек и пишалей. Нескольких залпов оказалось достаточно для того, чтобы обратить вражеское воинство в бегство. Вслед за тем должна была произойти решительная битва с главными силами Кучума. Спустившись 'к устью реки, казаки увидали против себя такое множество врагов, что на одного казака приходилось тридцать сибиряков. Тогда собрался казачий круг и стал рассуждать, что им делать дальше. 

Некоторые советовали уклониться от боя, другие же, в том числе и сам Ермак, говорили: «Куда нам бежать? Уже осень; реки начинают замерзать. Не положим на себя худой славы. Вспомним обещание, что мы дали честным людям перед Богом. Если мы воротимся, то срам нам будет и преступление слова своего; а если Всемогущий Бог нам поможет, то не оскудеет память наша в этих странах и слава наша вечна будет». Все единогласно решили пострадать за православную веру и послужить государю до смерти. Сражение началось утром 23 октября 1582 г. Татары скрывались в засеке. Заметив приближение казаков, они засыпали их тучей стрел, а затем сделали вылазку. Однако стрелы оказались бессильны против беглого огня ружей и пушек. Хотя сибиряки дрались с отчаянной храбростью, они потерпели полное поражение и после упорного рукопашного боя бежали. Кучум скрылся в ишимских степях, едва успев захватить часть своей казны.

Казаки потеряли в этом бою сто семь человек. 26 октября Ермак вступил в столицу Сибирского царства город Искер или Сибирь и захватил там большой запас мехов, азиатских тканей и разных драгоценностей. В городе не осталось тогда ни одного сибиряка: быстрый успех русских навел всеобщий страх на подданных Кучума. Потом татары, остяки и вогуличи со своими князьями стали приходить в столицу и бить челом о принятии их в русское подданство. Таким образом, огромный край покорился горстке храбрецов. Ермак всех приводил к присяге на имя государя и обращался с побежденными ласково. Своим казакам он строго запретил чинить туземцам хоть малейшее насилие. Наступившая зима не позволила Ермаку продолжить завоевание Сибири. 

Он оставался в Искере. О Кучуме не было никакого слуха. Весной 1583 г. царевич Махметкул стал подбираться к Искеру, но Ермак узнал об этом заранее, послал против него 60 человек, которые неожиданно напали на сонных татар, схватили Махметкула и привезли его к своему предводителю, Ермак обошелся с ним очень ласково. Весь год он продолжал подчинять данников Кучума и между прочим взял остяцкий город Назым. Но вскоре счастье начало изменять отважному атаману: стал ощущаться недостаток в съестных припасах, распространились болезни. Один из местных князей Карача-Мурза притворился верным слугой русского царя и просил у Ермака помощи против ногайцев. Ермак послал ему атамана Ивана Кольцо с небольшой дружиной в сорок человек, но татары вероломно напали на них и перебили всех до последнего. Другой атаман, Яков Михайлов, отправился искать пропавших товарищей, но сам был захвачен врагами и убит. Вслед за тем Карача с большой татарской силой осадил Ермака и атамана Мещеряка в самом Искере, думал принудить их к сдаче голодом, но казаки сделали вылазку и рассеяли осаждавших. Ермак перешел в наступление, совершил поход вверх по Иртышу и счастливо покорил несколько улусов. Незначительные военные действия продолжались в течение всего 1584 г. В августе 1585 г. Ермак узнал, что в Сибирь идет бухарский караван, и сам Кучум хочет перерезать ему путь, чтобы захватить товары.

Ермак поспешил со своей дружиной на устье реки Вагая, впадающего в Иртыш, с тем, чтобы дать каравану свободный путь по Иртышу. Целый день он ожидал караван, не дождался его и, утомившись, расположился с казаками на отдых вблизи реки. Ночь была дождливая и бурная. Все казаки заснули глубоким сном. Никто не ждал нападения. Между тем татары во главе с самим ханом внезапно напали на лагерь и начали резать сонных. Ермак, ища спасения, бросился в Иртыш. Он хотел добраться до своей лодки, но струг стоял далеко от берега. Тяжелая броня потянула Ермака ко дну, и он утонул. Погибли также почти все его товарищи.

 После этой победы татары двинулись на Искер. Атаман Мещеряк не в состоянии был при малом числе воинов держаться против Кучума. С остатками казаков он поплыл вниз по Иртышу с тем, чтобы войти в Обь, а оттуда через югорские горы пробраться в Печору. 

Сибирь была покинута. Но дело Ермака не пропало зря: его дерзкий поход сокрушил мощь Сибирского ханства и открыл русским дорогу за Урал. По его следам двинулись другие воеводы, которые в течение нескольких следующих лет довершили разгром Кучума и окончательно присоединили его владения к Русскому царству. Так было положено начало вековой эпопее завоевания Сибири.