21 февраля, через три дня, был опубликован еще один исключительно важный манифест – «Об уничтожении Тайной розыскной канцелярии». Манифест объяснял, что Петр I, «монарх великодушный и человеколюбивый», учредил Тайную канцелярию из-за «тогдашних времен, обстоятельств и неисправленных еще в народе нравов».

 А поскольку на протяжении полувека «Тайная розыскных дел канцелярия всегда оставалась в своей силе, то злым, подлым и бездельным людям подавался способ, или ложными затеями протягивать вдаль (то есть оттягивать, отсрочивать) заслуженные ими казни или наказания, или же злостнейшими клеветами обносить своих начальников или неприятелей». Теперь же, «если кто-либо, зная об оскорблении величества или о государственной измене, хотел бы известить об этом власти, то надлежит ему явиться в суд или к ближайшему воинскому начальнику, а если доноситель окажется прав, то отсылать его в Петербург, Москву или ближайший губернский город, и там его отнюдь не пытать, но действовать кротостью и увещеванием». 

 Укрощение средневекового произвола Кроме этих манифестов вышло несколько законодательных актов, посвященных делам церкви: указ от 29 января разрешал всем сбежавшим за границу раскольникам возвратиться в Россию и гарантировал свободное отправление их веры; указ от 1 февраля объявлял о прекращении следствий по делам раскольников-самосжигателей, причем местным властям предписывалось разъяснить всем староверам, что впредь никаких гонений их вере не будет и в связи с этим самосожжения теряют всякий смысл. Еще через шесть дней вышел указ «О защите раскольников от чинимых им обид и притеснений» и, наконец, 1 марта 1762 года – о секуляризации церковных и монастырских земель. По этому указу деревни и земли, ранее принадлежавшие церкви, переходили под управление государственных чиновников из отставных офицеров. Доходы с земель и деревень предписано было употреблять как на содержание монахов, но строго по штату, так и на отставных солдат, а также на содержание инвалидных домов. 

Общее управление всеми новым имениями осуществляла специально для того созданная Коллегия экономии, а вместо разных сборов был введен единый подушный налог – один рубль в год с души. Одновременно прекращались всякие дотации тем монастырям, которые не могли обеспечивать сами себя, а во всех обителях повелено было «слуг и служебников оставить самое малое число, без которых по самой нужде быть не можно». Не были забыты и монастырские крестьяне: устанавливалось, что, если монастырские служки взяли у крестьян лишнее, то надлежит «оное, с них взыскав, возвратить крестьянам немедленно».

 Можно утверждать, что именно эти указы – о снисхождении к раскольникам и монастырским крестьянам – способствовали потом популярности Пугачева, выдававшего себя за Петра III. Эти же указы больно били по монахам и белому духовенству, превращая их из собственников земли и крестьян в нахлебников государства, зависимых от произвола светской власти. К тому же новый император в отличие от своей подчеркнуто благочестивой и преданной православию супруги редко ходил в церковь, а если и оказывался в храме, то открыто глумился над обрядами православного богослужения. Он велел обрить попам бороды и остричь волосы, вынести из храмов все иконы, кроме образов Христа и Богоматери. В Духов день, когда Екатерина вдохновенно и благоговейно молилась, Петр III расхаживал по церкви, громко разговаривая, будто он был не в храме, а в своих покоях, когда же все встали на колени, он вдруг захохотал и выбежал из церкви. Все это, разумеется, сделало русское духовенство злейшим врагом Петра III. Прусский посланник барон Гольц писал Фридриху II, что духовенство направило императору коллективное послание, более похожее на декларацию, чем на прошение. В нем оно «жаловалось на насилие, причиненное ему этим указом (о секуляризации церковных имений), на странный относительно его (духовенства) образ действий, которого нельзя было бы ожидать даже от басурманского правительства».