Действительно, под сенью святилища гнездился позорнейший разврат. Порочному Бенедикту IX противопоставили было Сильвестра III, но Бенедикт одержал верх.

 Однако его тяготил сан. Он мечтал о супружестве и скоро продал свое духовное верховенство за 1000 серебряных марок одному римскому клирику, который принял имя Григория VI и употребил нечисто приобретенное достоинство, по крайней мере, на доброе дело — на утверждение церковных реформ. Но как Бенедикт, так и Сильвестр, служившие орудиями партий, устранены были ненадолго, так что, когда Генрих вступил в Италию в 1046 г., в ней было трое пап. Собор в Сутри. 1046 г.

С целью прекратить такой соблазн был созван собор в Сутри (Тоскана). Григорий VI признал себя на нем виновным и отрекся от своего греховно добытого сана. Другие папы были низложены, и королю предоставлено избрание нового главы церкви.

 Среди итальянского духовенства, развращенного более всех прочих, не нашлось ни одного человека, соответствовавшего требованиям высокого положения. Выбор Генриха пал на епископа Бамбергского, знатного саксонца Суидгера, который неохотно покинул свою епархию, чтобы стать папой. Это был безупречнейший человек.

Он принял имя Климента II и совершил коронование императора в день рождества 1046 г. В сопровождении нового папы император отправился в Южную Италию для распоряжения Апулией, отнятой в прошлом году у греков, преимущественно благодаря отваге норманнских рыцарей. Он утвердил существовавший там порядок, предоставив графство Апулию в ленное владение одному из норманнских вождей, Дрогону (1047 г.).

 В мае того же года он вернулся в Германию. Генрих III в Германии Здесь ему предстоял поход в Венгрию, где король Петр был низвергнут и мятежники, начавшие жестоко преследовать христиан и духовенство, избрали в короли представителя старой королевской династии, потомка Арпадов по имени Андрей. Этот король, верный своему христианскому имени, вернулся на путь прежней церковной политики и поддержал христианство.

Задуманный Генрихом поход был на время отложен, тем более что герцог Лотарингский Готфрид снова взялся за оружие, подняв мятеж во Франции, Бургундии и Италии. Смута возросла настолько, что Бенедикт IX, воспользовавшись смертью Климента II, вернулся в Рим с помощью маркграфа Бонифация, до этого времени усердного сподвижника императора, а теперь тайного союзника лотарингских мятежников.

Гробница папы Климента II в Бамбергском соборе. Единственный из пап, похороненный в Германии. В головах гробницы — изображение папы, призываемого ангелом в царствие небесное. По бокам — изображения христианских добродетелей.

 На верхней доске надпись no-латыни: «Высокочтимый отец и владыка во Христе, господин Суидгер фон Майендорф (родом) из Саксонии, второй епископ Бамбергский, впоследствии названный папой Климентом II, умер в Риме 10 октября 1047 г.».

Генрих скоро расправился с мятежом в Италии. Назначенный им папа, бриксенский епископ Поппо, вступил на папский престол под именем Дамаса II (1048 г.); с французским королем также восстановились хорошие отношения.

Другая опасность возникла в Саксонии, где герцогская семья Биллунгов со злобной ненавистью преследовала преданного императору бременского архиепископа Адальберта, выжидая случая для проявления этой ненависти.

Опасность со стороны Лотарингии миновала только в 1049 г., когда императорские войска под предводительством герцога Верхне-Лотарингского Герара нанесли решительное поражение вожакам восстания — графу Дитриху и герцогу Готфриду.

В этой борьбе союзником императора был папа Лев IX, бывший епископ Туля Бруно, занявший римский престол после смерти Дамаса II.

Император указал римским посланцам на него как на достойнейшего, и в феврале 1040 г. он вступил в Рим босой, в монашеском одеянии, читая молитвы, с соответственной свитой.

Начав там упорную борьбу с симонией, он на некоторое время отправился к императору и, находясь в его лагере, отлучил мятежников от церкви. Могущество Готфрида рушилось, и он вместе со своим союзником графом Балдуином Фландрским летом 1049 г. просил императора о помиловании.