В 1939–1940 годах как нарком внешней торговли Микоян вел переговоры с немецкими экономическими делегациями и следил за аккуратным выполнением заключенных соглашений. Хотя сроки поставок немецкого оборудования срывались уже в 1940 году, поезда с продовольствием и сырьем шли из СССР в Германию едва ли не до 21 июня 1941 года. Война решительно изменила положение и обязанности Микояна. Еще перед войной, когда под контролем Микояна находились торговля, снабжение, производство товаров легкой и пищевой индустрии, он заявлял: «Мы можем сказать, что когда Красной армии потребуются во время войны продукты питания, то она получит вдоволь сгущенное молоко, кофе и какао, мясные и куриные консервы, конфеты, варенье и еще многое другое, чем богата наша страна» (Рабочая Москва. 1935. 24 янв.). Конечно, снабжение Красной армии в годы войны не было столь уж обильным, но в основном удовлетворительным. Сразу же после начала войны Микоян возглавил Комитет продовольственно‑вещевого снабжения Красной армии. В 1942 году Анастас Иванович был введен в Государственный Комитет Обороны (ГКО) – высший орган власти в стране на период войны. Заслуги Микояна в снабжении армии были столь бесспорны, что еще в 1943 году, в разгар войны, ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Вскоре после начала войны Микоян вошел в Совет по эвакуации. Этому Совету пришлось провести громадную работу по эвакуации в восточные и южные районы многих миллионов рабочих и служащих и тысяч промышленных предприятий. К началу 1943 года общее число эвакуированных составило около 25 миллионов человек. Когда Красная армия, добившись перелома в войне, стала продвигаться на запад, Микоян вошел в Комитет при СНК СССР по восстановлению хозяйства освобожденных районов. В сентябре 1942 года под Сталинградом в воздушном бою погиб сын Микояна Владимир. За месяц до этого Анастас Иванович, ни раньше, ни позже не занимавшийся устройством судьбы своих сыновей, сам позвонил в командование ВВС и попросил учесть просьбу Владимира – направить его на Сталинградский фронт. В это время Микоян был в Оренбургской области, где он как уполномоченный ЦК проводил хлебозаготовки. Печальную весть ему сообщил первый секретарь обкома Г. А. Денисов, свидетельство которого сохранилось: «Я получил телеграмму из ЦК ВКП(б) с указанием срочно передать А. И. Микояну… Сообщать такую весть мне было крайне тяжело, но что делать. Я немедленно выехал в Павловский район, где находился Микоян. Передал ему телеграмму. Прочитав ее, он тихо сказал: „Поедем в Оренбург". Всю дорогу он молчал. Приехали поздно вечером, вошли в вагон, в котором Микоян прибыл и жил все дни во время пребывания в области. Я и другие товарищи постарались отвлечь его от тяжелых дум. Он извинился и попросил нас оставить его одного, сказав, что ему нужно поговорить по телефону с женой. На следующий день рано утром Микоян позвонил мне и попросил зайти к нему. – Я должен сегодня уехать в Москву, – сказал он спокойным голосом, – а вы доведите до конца работу по заготовке хлеба, – и подробно пояснил, что следует сделать, чтобы обеспечить план поставок. Я удивился его самообладанию, о смерти сына он ничего не говорил, только бледность лица выдавала его горе» (Цит. по: Павлов Д. В. Из записок наркома // Новая и новейшая история. 1988. № 6. С. 122–123.). Мы должны здесь отметить, однако, не только заслуги Микояна в годы войны. Как член ГКО и Политбюро он должен нести ответственность за все решения, принятые или одобренные этими высшими партийными и государственными инстанциями. Речь идет, в частности, о выселении целых народностей с их национальной территории на восток – в так называемые спецпоселения. В самом начале войны такая участь постигла немцев Поволжья, да и всех граждан СССР немецкой национальности. Затем были депортированы многие народности Северного Кавказа и татары из Крыма. В каждом случае вопрос о ликвидации той или иной национальной автономии и выселении целого народа Сталин выносил на утверждение Политбюро ЦК ВКП(б) и ГКО СССР. Справедливости ради надо отметить, что и в данном случае позиция Микояна, пусть и очень незначительно, но отличалась от позиции других членов советского руководства. Еще в 1951 году в журнале «Социалистический вестник», который издавался группой меньшевиков‑эмигрантов и считался одним из органов Социалистического интернационала, было опубликовано свидетельство некоего полковника Токаева, осетина по национальности, перебежавшего якобы на Запад в конце войны или сразу же после ее окончания. Он сообщил, что решение о ликвидации Чечено‑Ингушской АССР было принято после обсуждения на совместном заседании Политбюро и ГКО 11 февраля 1943 года. На заседании прозвучало два мнения. Молотов, Жданов, Вознесенский и Андреев предложили ликвидировать Чечено‑Ингушскую АССР и немедленно выселить всех чеченцев и ингушей с Северного Кавказа. Ворошилов, Каганович, Хрущев, Калинин и Берия предложили повременить с выселением до полного освобождения Северного Кавказа от немецкой оккупации. К этому мнению присоединился и Сталин. Лишь один Микоян, соглашаясь в принципе, что чеченцы и ингуши должны быть выселены, высказал опасение, что депортация повредит репутации СССР за границей.