Европейцы, настроенные соответствующим образом, мечтали попасть в богатую страну – ведь долина Нила всегда славилась плодородием и щедростью.
«Египет – одна из самых прекрасных и плодородных, а также наиболее интересных стран мира. Это колыбель наук и искусств.

 Там встречаешь самые большие и самые древние памятники, созданные руками человека. Если бы у нас был ключ к иероглифам, которыми они покрыты, то мы узнали бы неизвестные сейчас вещи относительно первого периода развития общества», – писал Наполеон.
Однако местное население, особенно в деревнях, влачило жалкое существование.
Минералог Доломье отзывался о египтянах так: «У этого народа нет ни любопытства, ни духа соперничества; самое удивительное, на мой взгляд, в образе жизни египтянина – это полная индифферентность ко всему, что не относится к его общественному положению, к его профессии и к его привычкам. Ничто их не удивляет, так как они не обращают никакого внимания на то, чего они не знают».
Бонапарт публиковал многочисленные воззвания на арабском языке. Ученые изучали этот язык еще до экспедиции, а многие из них осваивали диалекты. 

Печатник Марсель и «глава воздухоплавателей» Конте охотно нанимали рабочих из числа местных.
На протяжении веков европейцы были редкими гостями в тех краях. И вдруг туземцы видят чужих солдат, свободно разгуливающих по улицам древних городов. Правоверные мусульмане были шокированы и тем, что их женщины разговаривают с пришельцами и иноверцами.
Жена генерала Мену продолжала после свадьбы посещать общественные бани в Розетте. Женщины любопытствовали, как она живет.

 Она говорила им о деликатности и заботливости мужа, о том, что за столом ей подают первой, причем лучшие куски, что для перехода из одного помещения в другое предлагают руку, что муж вежлив и обходителен, старается исполнить все ее желания. Эффект этих речей был столь ошеломляющим, что женщины Розетты направили «султану Кебиру» петицию с просьбой приказать местным мужчинам обходиться с ними по обычаю французов.
Благие намерения зачастую истолковывались превратно. Например, в целях общественной безопасности были разрушены ворота в кварталах, а улицы города освещались всю ночь. Новые власти потребовали собирать и сортировать хозяйственные отходы, проветривать постельное белье, подметать и поливать улицы.

 Все это расшатывало привычные устои жизни.
Снос ворот Бонапарт приурочил к открытию заседаний Большого Дивана, органа местного самоуправления, посчитав это удобным предлогом. Однако некоторые владельцы недвижимости и «злонамеренные лица» стали протестовать против новшеств: «Зачем менять то, что было всегда?»
На созыв Большого Дивана, куда Бонапарт включил главных шейхов мечети Аль-Азхар, купцов, представителей провинциальной администрации и деревенских шейхов, тоже смотрели по-разному. Одни видели в этом знак согласия, а иные рассуждали так: «Новый владыка собрал знатных людей. Не собирается ли он взять их в заложники?»
Высшие классы египетского общества были более восприимчивы к переменам. Их представители по достоинству оценили французскую кухню. 

Некоторые посещали дни открытых дверей в Институте и участвовали в публичных научных экспериментах. Самые любопытные приобщились к газетам.
Но эти открытые новшествам аристократы попрятались в гаремах, когда в октябре жители Каира подняли мятеж. Он был спровоцирован фортификационными работами, в ходе которых были разрушены могилы мусульман, их дома и мечеть, и постоянными угрозами городского коменданта генерала Дюпюи, уроженца Гаскони (он не церемонился с местными и хотел применить к ним телесные наказания). К тому же египтяне боялись, что пушки, установленные для обороны города, будут повернуты против них. Вдобавок ко всему, французы разоружили местное население.
Восстание имело и экономические причины – потеряв связи с Францией, Бонапарт был вынужден значительно увеличить налоги – для того, чтобы управлять, строить, выплачивать жалование воинам, служащим, ученым и т. д. Фуражиры забирали у населения лошадей и продовольствие. Сборщики налогов из числа коптов получили привилегии и право носить оружие. «Великий Кебир» установил награду в 600 ливров для лиц, которые укажут дом или склад, где хранится «значительное количество» подлежащих конфискации товаров.
Вот как он мыслил покорить туземцев: «Подчинение арабов имеет большое значение для процветания Египта. Это предварительное условие всякого прогресса. Чтобы подчинить арабов, необходимо: 1) занять оазисы и колодцы; 2) организовать полки верблюжьей кавалерии, приучить их к пребыванию в пустыне в течение целых месяцев, без возвращения в долину; 3) создать большую администрацию и суд для рассмотрения дел, наказания и наблюдения за кочевыми племенами. Основы подобной организации были заложены в 1799 году».
Он считал важным «не зависеть исключительно от туземцев-арабов… Копты, видя, что мамелюки уничтожены, не имели другого выхода, кроме как пойти на службу к французам. В результате этого наша армия имела во всех частях Египта шпионов, наблюдателей и контролеров, независимых и враждебных туземному населению».
Бонапарт «сеял полезные учреждения», создавал департаменты, управлявшиеся французскими начальниками гарнизонов, укреплял форты, строил военные поселения, повышал налоги, планировал изменить систему землевладения и ввести западные законы, одним словом, всячески организовывал местных на европейский манер.

 Стоит ли удивляться, что он был правильно понят далеко не всеми!
Однако что же, в конечном итоге, вызвало мятеж, во главе которого встали высокие лица, обласканные Бонапартом? чрезвычайный налог? недоразумения, которые можно было уладить?
Главной причиной восстания стала изменившаяся политическая ситуация. Все попытки Бонапарта укрепить отношения с Турцией и договориться с вождями мамелюков потерпели фиаско.
Через несколько дней после битвы у Пирамид он написал Мурад-бею и послал к нему негоцианта Розетти – «ловкого человека, друга мамелюков и консула Венеции». Онсделал Мурад-бею те же предложения, что еще раньше направлял Ибрагим-бею («сохранить за ним и всеми его мамелюками право собственности на все их деревни, а также на их дома, платить им жалованье за счет Республики – беям, как генералам, киашифам, как полковникам, а его лично возвести в сан государя с соответствующими почестями»).
Ибрагим-бей поначалу заинтересовался предложениями Бонапарта, но через неделю после Абукирской катастрофы прислал отказ: «уничтожение эскадры изменило положение вещей; не имея более возможности получать подкрепления, будучи со всех сторон окружены врагами, французы кончат тем, что будут побеждены».
Мурад-бею Бонапарт предложил еще больше: в дополнение к тому, от чего отказался Ибрагим, – «пост губернатора одной из провинций Верхнего Египта – до того времени, когда удастся облечь его суверенной властью в Сирии».
Мурад-бей принял это предложение и заявил, что «полагается во всем на великодушие французского полководца, нацию которого он знает и уважает; что сам он удалится в Исну и будет управлять долиной, от «двух гор» до Сиены с титулом эмира; что он считает себя подданным французской нации и предоставит в распоряжение главнокомандующего для использования по его усмотрению отряд в 800 мамелюков; что за ним и его мамелюками будет закреплено владение всеми принадлежащими им деревнями и прочим имуществом, и что он примет предложение относительно предоставления ему территории в Сирии, если главнокомандующий распространит на нее свою власть, но хочет лично договориться по этому вопросу с главнокомандующим, которого горячо желает видеть».
Розетти вез этот обнадеживающий ответ Бонапарту. 

Однако негоциант надолго задержался в Бени-Суэйфе и перед отъездом из города получил от Мурад-бея новое письмо: «Будучи уведомлен командующим английской крейсерской эскадрой о гибели французского флота в Абукире, он не может принять на себя никаких обязательств; что если бы он подписал таковые, то стал бы их придерживаться; но, оставаясь еще свободным, он решил сам попытать счастья».
Следом Джеззар-паша, наместник султана в Сирии, прислал в Каир документ, содержавший объявление султаном войны Франции. Бонапарт направился на обед к шейху Сада, адресату документа, и, оставшись наедине с ним, потребовал выдачи оригинала послания. Сада сначала отрицал, что знаком с документом, но, запутавшись в противоречиях, отдал бумагу.
Город наполнился слухами. Говорили о высадке «бесчисленной» армии, составленной из османов и сирийских солдат Джеззар-паши. Союзники Бонапарта к нему охладели, многие сделались врагами оккупантов.
Диван стал сомневаться в исходе войны – ведь теперь Франция в одиночку боролась против сил Порты, Англии и России. Разбитый у Пирамид Мурад-бей накапливал силы в Верхнем Египте, а Ибрагим-бей и Джеззар-паша – в Сирии.
Появились партизаны. Жители угоняли и прятали скот, убивали французских курьеров и фуражиров, нападали на небольшие отряды. В Розетте, Александрии, Даманхуре и других местах вспыхнули мятежи. Бонапарт ответил казнями, арестами заложников, обысками, контрибуциями. «Каждый день я приказываю отрубить пять-шесть голов на улицах Каира. До настоящего времени мы должны были щадить их, чтобы уничтожить страх, который нам предшествовал. В настоящее время, напротив, нужно взять тон, который необходим, чтобы этот народ повиновался. А повиноваться для них – значит бояться», – писал он 31 июля.
Арабы решились на мятеж, несмотря на внушительные демонстрации военной силы на праздниках, организованных новой властью. Первая кровь возбудила массы, и шейхи – даже те, кто считал затею безумной, – встали под общие знамена или, по крайней мере, одобрили действия повстанцев. Шейх Сада стал председателем дивана мятежников, куда вошла сотня имамов и людей низших сословий.
Пришлось применить штыки и орудия. 

Восстание было жестоко подавлено и унесло жизни нескольких членов Комиссии по наукам и искусствам (они были убиты в самом начале мятежа), двадцати офицеров штаба и инженерных войск. Погибли комендант Дюпюи, убитый копьем, любимый адъютант Бонапарта – молодой поляк Сулковский. Триста солдат были убиты либо ранены.
Сулковский выехал из Каира с двумя сотнями кавалеристов, перешел через канал по мостику, атаковал бедуинов, убил несколько повстанцев и преследовал остальных. Действуя умело и решительно, он очистил окрестности города, но был ранен. Под ним пала лошадь, он рухнул наземь и был пронзен множеством копий.
Многие ученые, заблокированные в разных районах города, спаслись лишь благодаря местной интеллигенции. Хранившиеся в доме генерала Каффарелли ценнейшие научные приборы, инструменты и книги были уничтожены.
Восстание перекинулось и на близлежащие селения, где также было много крови.
«Ежедневно, – писал Бонапарт, – мы рубим по три десятка голов… Это им послужит уроком». Он одобряет действия Бертье: «Вы хорошо сделали, что приказали отрубить головы всем взятым в плен с оружием в руках».
После мятежа Большой Диван (Совет Нации) был распущен, члены «мятежного дивана» расстреляны, а город укреплен. Одна из больших мечетей была превращена в форт, названный в честь храброго офицера и талантливого человека, – академика Юзефа Сулковского. Повысили и меры безопасности ученых: вблизи сада Института соорудили крепость.
Наполеон принял шейхов и сказал им: «Я знаю, что многие из вас проявили слабость, но я хочу верить, что ни один не является преступником; неблагодарность и мятеж – это то, что более всего осуждается пророком… Я не хочу, чтобы хоть один день в Каире не происходило обычного богослужения; мечеть Аль-Азхар была взята штурмом, в ней текла кровь, идите и очистите ее. Все священные книги были взяты моими солдатами, но, действуя в моем духе, они принесли их мне – вот они, я их вам возвращаю. Тех, кого постигла смерть, достаточно для моей мести. Скажите народу Каира, что я хочу продолжать быть милостивым и милосердным.

 Он был предметом особого покровительства с моей стороны, он знает, как я любил его, пусть же он сам судит о своем поведении. Я прощаю всем, но хорошенько объясните им, что то, что произошло и еще произойдет, давно уже записано, и что никто не в силах остановить меня; это все равно, что захотеть остановить судьбу… Все, что произошло и еще произойдет, записано в книге истины».
Затем «с поздравлениями» явился шейх Сада. Он что-то бессвязно бормотал и бросился целовать руку «султана Кебира».
Это видел грозный Клебер, только что прибывший из Александрии.
– Кто этот старик со смущенным видом, на лице которого написано такое сильное волнение? – спросил «Нестор армии».
– Это вождь восстания, – ответил Бонапарт.
– Как! И вы не прикажете его расстрелять?
– Нет, этот народ слишком чужд нам и нашим обычаям; я предпочитаю, чтоб у него были вожди вроде того, который не может ни сесть на коня, ни действовать саблей, чем видеть во главе его таких людей, как Мурад-бей и Осман-бей.

 Смерть этого бессильного старца не принесет никакой пользы и будет иметь для нас более гибельные последствия, чем вы предполагаете.
Возмущение армии было беспредельным: «Зачем постоянно ласкать этих старых шейхов, этих ханжей?»
Бонапарт проявил мудрость, не реагируя на выпады. Он был и политиком, и рыцарем (хотя Стендаль и Шатобриан позднее назовут его политическое дарование посредственным), а Клебер – в первую очередь рыцарем.
Через полтора года античный герой будет зарезан фанатиком.