Отвечая на расстрел в Петербурге, московская организация эсеров создала боевую группу для убийства московского генерал-губернатора, великого князя Сергея Александровича. Сценарий был прежним: установить маршрут и время поездок намеченной жертвы и взорвать бомбу. Дядя царя был повинен в Ходынке, он выселил из Москвы десятки тысяч евреев, покрывал казнокрадов и взяточников и беспощадно расправлялся с революционерами.
Именно поэтому он и стал первой жертвой революционного террора в 1905 году. Бомбистами были определены Куликовский и Каляев. Установив все, что было необходимо, они наметили покушение на 2 февраля. В 8 часов вечера из Никольских ворот Кремля вылетела великокняжеская карета и повернула к зданию Городской Думы. И. П. Каляев ждал Сергея Александровича на крыльце Думы и, увидев яркие белые огни великокняжеской кареты, бросился ей наперерез. Он еще не успел поднять бомбу, как совершенно отчетливо увидел, что за окнами кареты кроме великого князя находятся его жена Елизавета Федоровна и двое детей – их воспитанники Мария и Дмитрий (дети его родного брата Павла Александровича). Каляев тут же отбежал в сторону: он не мог убить женщину и детей, но великий князь получил лишь кратковременную отсрочку – не больше.
4 февраля около 3 часов дня в Кремле, возле здания Сената, Каляев встретил карету Сергея Александровича и с расстояния в четыре шага бросил бомбу. Взрыв был чрезвычайно сильным: карету разнесло в щепки, в окнах Сената вылетели все стекла, Каляев в обгоревшей крестьянской поддевке, с окровавленным лицом, оглушенный взрывом, шатаясь, отошел в сторону, где тут же и был схвачен. Его усадили на извозчика и отвезли в арестный дом на Якиманке.
Сбежавшиеся к месту взрыва случайные прохожие и судебные канцеляристы увидели кучу бесформенных обломков кареты, окровавленные лохмотья великокняжеской одежды и куски тела.
Некоторые стали высвобождать из-под обломков труп, но нашли только руку и часть ноги – все остальное, в том числе и голова, были разорваны на мельчайшие кусочки.
В это время из Кремлевского дворца выбежала Елизавета Федоровна и бросилась к останкам мужа. Она замерла, как вкопанная, и заметила, что зеваки стоят не сняв шапок, откровенно и праздно любопытствуя. Она закричала:
– Как вам не стыдно! Что вы здесь смотрите! Уходите отсюда!
Но толпа стояла, не снимая шапок и продолжая молча и безучастно смотреть на происходящее. Только через полчаса в Кремль прибыли солдаты, разогнали зевак и оцепили место взрыва...
Сергея Александровича похоронили в Чудовом монастыре – под храмом святого патриарха Алексия. Его усыпальница была превращена в подземную церковь, освященную во имя преподобного Сергия Радонежского. «Ее украшал прекрасной работы резной белокаменный иконостас, иконы для которого написал художник К. И. Степанов. Из такого же белого мрамора изваяли надгробие, стоявшее в центре подземного храма. Это был подземный музей древностей, в котором находились ценные вещи из коллекции, собиравшейся великим князем: иконы XVI и XVII веков, нательный крест XIV века в серебряном ковчеге, а также личные вещи его. В храме находились носилки, на которых переносили останки Сергея Александровича и гренадерская шинель, укрывавшая их».
А на месте его гибели в 1908 году воздвигли высокий бронзовый крест, отлитый по проекту художника В. М. Васнецова. Над крестом, под волнисто изогнутой кровлей виднелась скорбно склоненная Богоматерь, в резном фонаре теплилась неугасимая лампада. На кресте по просьбе великой княгини Елизаветы Федоровна была выбита надпись: «Отче, отпусти им, не ведают, что творят».
Этот крест 1 мая 1918 года собственноручно стащил с постамента В. И. Ленин с группой товарищей из ВЦИКа и Совнаркома, собравшихся в Кремле перед первомайской демонстрацией. Ленин сам сделал на веревке петлю и набросил ее на крест. Его соратники последовали примеру вождя, опрокинули крест на булыжную мостовую, а потом сволокли его в Тайницкий сад.