Две трети мальтийских рыцарей были французами.
Родина вспомнила об этих богатых людях еще в младенческие годы революции, а в 1792-м (19 сентября) объявила их имущество национализированным.
Когда рыцари лишились своих владений во Франции, Англия предложила обиженным протекцию, а русский царь Павел – финансовую помощь (для этого он изъял деньги у поляков).
Став в 1797 году гроссмейстером «Большого православного приората», Павел начал посвящать подданных своей империи в рыцари.
Австрия тоже имела виды на Мальту, а 54-летний великий магистр Гомпеш был настроен проавстрийски.
Бонапарт предложил Директории захватить остров еще в 1797 году. Обдумывая египетско-индийские проекты, он видел, что Мальта – важный пункт на этом пути.
Французы предусмотрительно направили на остров своих агентов, чтобы подготовить умы должным образом. Но подорвать Орден изнутри не получилось. «Бонапарт очень рассердился на людей, посланных из Европы для того, чтобы это дело устроить; однако же один из них, г-н Доломье, раскаялся в принятой им на себя порученности…» «Посселгуэ сделал все что мог в этой попытке к подкупу, но не имел совершенно успеха», – пишет Бурьенн.
Главной причиной захвата Наполеон впоследствии назвал ту, что остров отдался под покровительство императора Павла – врага Франции: «Это оскорбляло римско-католическую религию и клир». «Ища покровительства на севере, Орден не принял во внимание и поставил под угрозу интересы держав юга».
Гомпеш имел 332 рыцаря, способных драться, 3 600 человек в гавани и 13 000 милиционеров. Слишком мало для того, чтобы противостоять Восточной армии Бонапарта!
Тот пренебрежительно отозвался о рыцарях, как о людях неспособных. Да и другие солдаты (итальянцы, немцы, французы, испанцы) не лучше – «большей частью дезертиры или авантюристы, которые с тайной радостью отнеслись к возможности соединить свои судьбы с судьбой самого знаменитого полководца Европы».
Великий магистр созвал совет. Что делать? Одни говорили, что надо объявлять тревогу – ведь, имея неплохой арсенал и запас продовольствия на три года, можно упорно сопротивляться. Другие напоминали, что Орден иоаннитов (Святого Иоанна Иерусалимского) призван вести войну с туркам, а не с христианами.
Пока шла дискуссия, французский адъютант потребовал пропустить корабли в порт. И вновь партии войны и мира стали доказывать друг другу преимущества разных способов поведения. Верх взяли первые, после чего рыцари взялись за оружие.
Однако командор Буаредон де Рансюэ, принадлежавший к овернскому «языку» (всего на Мальте было семь языков, три из них – французские), заявил, что не поднимет оружие против Франции. Несколько рыцарей высказались в том же духе, но их арестовали и отправили в тюрьму.
Защитники, готовые постоять «за родину», распределились по островам, батареям и башням.
Коммерсант Каруссон, который вел дела французов на острове, вечером 9-го июня сообщил Бонапарту волю Совета.

 В ответ генерал просил передать великому магистру следующее: «Главнокомандующий возмущен тем, что вы не желаете разрешить набирать воду более чем четырем кораблям одновременно; действительно, сколько времени понадобится 400—500 судам для того, чтобы получить подобным способом воду и все остальное, в чем они сильно нуждаются? Этот отказ тем более удивил главнокомандующего, что ему известно, какое предпочтение оказывается англичанам и какую декларацию обнародовал ваш предшественник. 

Главнокомандующий решил взять силой то, что должны были ему предоставить, руководствуясь законами гостеприимства, которые являются основой вашего ордена; я видел, сколь значительны подчиненные ему силы, и предвижу, что остров не сможет обороняться… Главнокомандующий не пожелал, чтобы я вернулся в город, который он считает себя обязанным рассматривать впредь как вражеский… Он отдал приказ о том, чтобы религия, обычаи и собственность мальтийцев уважались».
Главнокомандующий приказал готовиться к бою. Утром начался штурм. Сам Бонапарт высадился с отрядом в 3 000 человек между городом и бухтой Святого Павла. Защитники отстреливались, и даже сделали отчаянную вылазку. Но явное неравенство сил заставило их начать переговоры.
Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора).
Мальта сдалась на милость победителю. Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами.
Вводится гражданский кодекс. Рабство отменяется, все турецкие невольники, среди них были уроженцы Триполи, Алжира, Туниса, Марокко, Дамаска, Сирии, Смирны и Константинополя, освобождаются. Ликвидируются все феодальные права и привилегии. Создается новая администрация (комендант острова – генерал Вобуа, французский гарнизон – 4 000 человек), формируются муниципалитеты, назначаются судьи. Бонапарт реформирует систему образования, учреждает начальные и средние школы и формулирует новые принципы политики просвещения.
Им организуются 15 начальных школ, а мальтийский университет заменяется «центральной школой». В этой школе должны изучать право, арифметику и стереометрию, алгебру, геометрию, астрономию, химию, механику и физику, навигацию.
60 детей богатейших семейств в возрасте от 9 до 14 лет должны быть направлены в Париж для обучения в коллежах.
Сам Орден был упразднен, члены его высланы, сокровища изъяты.
Из мальтийцев, говоривших по-арабски, Бонапарт организовал отряд – с тем, чтобы они стали переводчиками и разведчиками.
Все это он сделал за считанные дни. Что дальше?
«Собираются ли возвысить снова Афины или Спарту? Будет ли трехцветное знамя водружено на серале или же на пирамидах и развалинах древних Фив? Или же из Алеппо направятся в Индию???»
Так, якобы, вопрошали солдаты Восточной армии (разумеется, подлинно римский дух, которым пропитаны эти слова, не оставляет сомнений в их авторстве).
А что мог думать Горацио Нельсон?
Члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Бонапарт гулял в садах гроссмейстера Ордена, «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями». Бурьенн говорит, что «мы с удовольствием лакомились их фруктами, казавшимися нам при чрезвычайной жаре еще более вкусными».
Пробыв на острове неделю, эскадра подняла якоря.
Наконец, вождь «франков» прояснил свои намерения:
«Бонапарт, член Национальной академии, главнокомандующий войсками.
На корабле «Орион», 4 мессидора VI года (22 июня 1798 года).
Воины!
Вам предстоит сделать завоевание, последствия которого будут неисчислимы как в отношении к просвещению, так и к всемирной торговле. Вы этим нанесете Англии самый верный и самый чувствительный удар в ожидании того, которым совершенно сокрушите ее.
Нам придется сделать несколько трудных переходов; дать много сражений; мы успешно исполним наши преднамерения; за нас судьба. Беи мамелюков, которые исключительно благоприятствуют английской торговле, которые наносят неприятности нашим негоциантам, которые тиранят бедных обитателей берегов Нила, эти самые беи через несколько дней после нашего прибытия не будут более существовать.
Народы, с которыми вы будете в сношениях, магометане; их первая заповедь: Нет Бога кроме Аллаха, и Магомет пророк Его.

 Не спорьте с ними; поступайте с магометанами, как поступали с евреями, как поступали с итальянцами; обращайтесь почтительно с их муфтиями, с их имамами, как обращались с духовными лицами других народов.
Римские легионы покровительствовали всем религиям. Вы встретите здесь обычаи, отличающиеся от обычаев европейских: привыкайте к ним.
Народы, к которым мы идем, обращаются с женщинами не так, как мы; но того, кто насилует, во всякой стране считают за изверга.
Грабеж обогащает немногих, бесчестит всех, уничтожает ресурсы и делает нашими врагами тех, чье благорасположение нам нужно.
Первый город, который мы встретим на нашем пути, сооружен Александром; мы на каждом шагу найдем великие воспоминания, достойные воспламенить дух французов».