Это право предполагало исключение вмешательства мирян в выборы папы, но не смогло окончательно решить эту проблему. Процедура избрания не предусматривала удовлетворительного решения на случай разногласий между самими кардиналами: когда меньшинство отказывалось утвердить кандидата большинства и выбирало собственного кандидата. 

Такие двойные выборы случались несколько раз вплоть до 1130 г. В то время они не приносили папству большого ущерба, так как императорская власть была слабой. Но в 1159 г. ситуация резко изменилась. Новый император Фридрих I из швабского дома Гогенштауфенов (1152–1190) восстановил престиж королевской власти в Германии, заплатив за это дорогую цену. Он позволил своему кузену Генриху Льву, герцогу Саксонии и Баварии, практически бесконтрольно распоряжаться почти половиной королевства. Генрих использовал свои возможности главным образом для экспансии за Эльбу, что позволяет заподозрить его в замысле основать собственное обширное государство и добиться фактической независимости от германского короля. Чтобы как-то упрочить свое положение, Фридрих решил обратить свой взор на Италию

. Восшествие на престол папы Александра III (1159–1181) он не без оснований расценил как сознательный вызов, ибо новый папа заявлял, что императорская корона – это бенефиций, пожалованный папой немецкому королю. Само слово «бенефиций» можно было понимать по-разному, в том числе просто как «дар» или «милость».

 Однако многие – и в папском, и в императорском окружении – понимали его в специфически феодальном смысле, полагая, что папа хотел считать императора своим вассалом. Соперничество светской и духовной властей проявилось в этом конфликте даже резче, чем во время попыток взаимного низложения Генриха IV и Григория VII: люди стали все чаще задумываться о том, кто же стоит выше – папа или император, каковы вообще отношения между церковью и государством. Эта проблема отныне стала носить принципиальный характер, безотносительно к тому, какими достоинствами и недостатками обладает папский или императорский престол.

 Тем не менее главные участники конфликта 1159 г. все еще мыслили категориями личностных отношений. Фридрих, как можно было и предполагать, поддержал «антипапу», избранного меньшинством кардиналов, на что Александр III ответил отлучением императора. Борьба длилась почти двадцать лет. На сторону Александра встало большинство королей Европы, но самых активных союзников он нашел в лице североитальянских городов. Они со страхом и возмущением восприняли попытки императора собирать с них налоги в свою пользу. Фридрих I, которого итальянцы называли «Барбаросса» («Рыжебородый»), был человеком больших дарований и большой личной привлекательности, но вместе с тем способным на поистине варварскую жестокость. Проведя несколько успешных кампаний в Италии, он обнаружил, что сопротивление итальянских городов и смертельная средиземноморская малярия, способная погубить целые армии, украли у него бесспорную победу. В конце концов Фридрих и Александр официально примирились, приняв еще одно компромиссное решение; оно устраняло некоторые конкретные разногласия, но не решало фундаментальную проблему отношений церкви и государства. После этого было уже гораздо легче достичь и другого компромисса – с итальянскими городами.

 Неудачи Фридрих частично возместил, победив в Германии своего могущественного и непокорного кузена Генриха Льва. Великое герцогство Саксонское было сокрушено отныне и навсегда. Владение, которое впоследствии стало называться герцогством и курфюршеством Саксония, представляло собой лишь небольшую, сравнительно недавно заселенную юго-восточную часть прежнего племенного герцогства. 

Самого большого успеха Фридрих достиг, однако, не этой победой, но, что показательно, удачным брачным союзом: его сын взял в жены наследницу нормандского королевства Сицилия, которое в то время включало всю Южную Италию и, как говорилось выше, было одной из самых консолидированных и богатых монархий Европы. Наследовав своему отцу, Генрих VI (1190–1197) стал самым могущественным европейским правителем со времен Карла Великого.

 Не обладая обаянием и популярностью отца, которые и сделали Барбароссу легендарной фигурой в немецкой истории и народной культуре, Генрих был исключительно способным политиком. 

Когда западноевропейские короли, опасавшиеся его силы, объединились против него, Генрих смог разрушить эту коалицию, безжалостно шантажируя короля Англии Ричарда I Львиное Сердце, захваченного в плен врагами во время возвращения из Третьего крестового похода. 

Однако империя Гогенштауфенов, подобно другим средневековым империям, в большой степени зависела от личности правителя и практически рухнула после преждевременной смерти Генриха VI, оставившего наследником двухлетнего сына.