Как уже говорилось, именно из дома Федора Никитича бежал в Польшу монах из свиты патриарха Иова Григорий Отрепьев и там выдал себя за царевича Дмитрия, чудом спасшегося от убийц и нашедшего приют в доме Федора Никитича Романова. Это обстоятельство сыграет потом важную роль в жизни новоявленного монаха Филарета.
К Филарету в монастыре был приставлен для доносов дворянин Воейков. Он исправно исполнял свое дело, и в частности писал, что Филарет сильно горюет о детях и жене, не зная, что с ними стало.
Однако же мир оказался не без добрых людей, и крестьяне Толвуйской волости сообщили Филарету о его жене, а ей передавали весточки от мужа. (Когда их сын, Михаил Федорович, занял престол, он навечно освободил потомков крестьян Толвуйской волости от всех государственных повинностей и податей.)
Лишь в марте 1602 года Борис Годунов указал снять со всех попавших в опалу Романовых позорные имена «злодеев».
Иван Никитич Романов и князь Черкасский были возвращены на службу; Федор Никитич мог встречаться с богомольцами, приходившими в Сийский монастырь, от которых он и получал известия о жене и детях.
Марфу Никитичну Черкасскую с Михаилом и Татьяной перевезли с Белого моря в вотчину Романовых – село Клин. Туда же из Заонежья привезли и их мать – инокиню Марфу, которая во все время своих мытарств в монастырях так и не побывала, но к своему иночеству относилась свято, а с этой поры стала умело сочетать обязанности матери с поведением монахини, что было не так-то и просто.
Поздней осенью 1604 года Филарет узнал, что на Руси объявился царевич Дмитрий, что он идет на Москву, желая вернуть себе трон, доставшийся Годунову.
Вслед за тем дошли до монастыря слухи, что на юге России забунтовали мужики и что царевич стал во главе их и вместе со своей армией, которая состояла преимущественно из шляхтичей и казаков, идет на Москву.
А весной 1605 года монахи узнали, что 13 апреля Борис умер, а его войско, вышедшее навстречу царевичу, перешло на сторону Дмитрия неподалеку от Орла.
Сына Бориса Годунова – шестнадцатилетнего Федора – и его мать задушили новоявленные сторонники Дмитрия, дочь Бориса заточили в монастырь, и в июне 1605 года под праздничный перезвон колоколов Григорий Отрепьев, он же Лжедмитрий I, въехал в Кремль.
В конце июня и до монастыря, где все еще жил Филарет, дошла весть, что теперь в Кремле объявился законный государь – царевич Дмитрий Иванович.
В это время Филарету уже сообщили, что царевич Дмитрий – не кто иной, как Григорий Отрепьев, живший у него на подворье перед тем, как царь Борис «опалился» на весь их романовский род.
Старец Филарет, узнав это, стал совсем другим, и Воейков, по-прежнему исполнявший должность соглядатая и доносчика, писал в Москву: «Живет старец Филарет не по монастырскому чину, неведомо чему смеется; все говорит про птиц ловчих да про собак, как он в миру живал. Старцев бранит и бить хочет и говорит им: „Увидите, каков я впредь буду“».
В июле в монастырь примчались гонцы из Москвы, оповестив монахов, что 20 июня российский престол занял царь Дмитрий Иванович.
Он же повелел быть Ивану Никитичу Романову – боярином, а Филарету Никитичу – занять митрополичью кафедру в Ростове Великом.