Сто лет спустя государство Аббасидов распалось. Слабые халифы оказались бессильны перед лицом вторжений тюркских «варваров» с севера.

 Тюркские племена стали селиться в пределах халифата, и в конце концов их военные вожди основали собственные династии в региональных королевствах. Конкретные ситуации складывались по-разному, но в целом это было типичное для истории средиземноморских и ближневосточных империй явление. В X в. династия Фатимидов предприняла попытку возродить исламский мир подобно тому, как за 400 лет до этого Юстиниан добивался возрождения мира христианского. 

В отличие от Омейядов и Аббасидов, Фатимиды, возводившие свой род к Фатиме (дочери пророка), принадлежали к исмаилитской ветви шиитского ислама; свои завоевания они начали не с Аравии, Персии или Месопотамии, а с Северной Африки. Фатимиды привлекли на свою сторону несколько сильных берберских племен и с их помощью покорили Египет, основали новую столицу Каир и создали новый, шиитский, халифат в противовес суннитскому халифату в Багдаде. К середине XI в. они захватили прибрежные районы Аравии и Сирии, однако не смогли достичь Месопотамии. Более того, им не удалось обратить в шиизм суннитское большинство своего населения. Исламское единство так никогда и не было достигнуто.

 Впервые со времен римского вторжения при Клеопатре Египет обрел независимость и сохранял ее вплоть до XVI в., когда был захвачен турками-османами. Впервые за много веков европейская торговля с Восточным Средиземноморьем стала расширяться. Константинополь все еще оставался крупнейшим торговым перекрестком между Востоком и Западом, но многие европейцы предпочитали теперь покупать восточные пряности и шелковые ткани в Александрии. 

В XI в. только из одного города Амальфи (Южная Италия) в Каир одновременно приезжали 200–300 купцов. Возрождение египетской торговли с христианской Европой привело к неожиданным последствиям: оно побудило арабских торговцев возвращаться из Индии через Красное море, а не через Персидский залив, как прежде. 

В результате центр экономической тяжести исламского мира стал вновь смещаться из Месопотамии в Восточное Средиземноморье. Некоторое время египетский халифат Фатимидов представлял собой наиболее жизнеспособную часть исламского мира: в целом они проводили политику религиозной терпимости, их военный престиж был высок, а великолепие двора халифов в Каире вошло в легенды. Однако существенная часть военной силы, на которую могли рассчитывать халифы, имела иноземное происхождение – берберы из Африки, нубийцы из Судана, армяне и – в первую очередь и главным образом – турки-сельджуки.

 Небольшие группы сельджуков, кочевого народа из Центральной Азии, уже давно проникали в Северную Персию и Армению; Аббасидские халифы Багдада использовали их как солдат и поселенцев. Но в XI в. количество турок, вторгшихся в эти области, непомерно возросло. 

Используя обычные преимущества кочевников: высокую боеспособность, подвижность и абсолютную безжалостность к оседлому населению, они создали обширную, хотя и аморфную, империю, простиравшуюся от Ташкента и Бухары через Персию и Месопотамию до Сирии и далее на юг до Иерусалима и Мертвого моря. Аббасидский халиф Багдада оставался религиозным главой суннитского ислама, но не имел почти никакой политической власти за пределами Багдада и Месопотамии. К концу XI в. поглощение Фатимидского Египта в результате могучего сельджукско-суннитского контрнаступления представлялось лишь вопросом времени: ведь у сельджукских военачальников и солдат уже был плацдарм в Каире. 

Но именно в это время в Восточном Средиземноморье возникла новая грозная военно-политическая сила. Крестоносцы, равно враждебные к сельджукам и к египетским Фатимидам, фактически перерезали сельджукам доступ в Египет и тем самым продлили жизнь Фатимидского халифата почти на целое столетие.