Деревни и села центра страны и значительной части северо-запада, Новгородской земли, запустели. Крестьяне разбежались: кто на новые земли Поволжья (именно тогда русский крестьянин осваивал территории вокруг Тамбова, Саратова, Самары, Симбирска и т. д.), кто в Приуралье, кто на юго-запад – к Туле, Курску, Орлу. Масштабы запустения позволяют представить писцовые книги. Это были документы, в которых в налоговых целях и для закрепления права собственности подробно описывалось каждое феодальное владение, там отмечали количество и „пашни паханой", и перелога» (необрабатываемой пахотной земли), крестьянских и холопских («людских») дворов, населенных и заброшенных, лугов, лесов и т. д. Дошли до нас они далеко не в полном объеме, но все же дают ценный материал для историка.
Писцовые книги, составленные в первые десятилетия после опричнины, создают впечатление, что страна испытала опустошительное вражеское нашествие. «В пусте» лежит не только больше половины, но порой до 90 % земли, иногда в течение многих лет.

 Даже в центральном Московском уезде обрабатывалось всего около 16 % пашни. Часты упоминания «пашни-перелога», которая уже «кустарем поросла», «лесом-рощей поросла» и даже «лесом поросла в бревно, в кол и в жердь»: строевой лес успел вырасти на бывшей пашне. Многие помещики разорились настолько, что бросили свои поместья, откуда разбежались все крестьяне, и превратились в нищих – «волочились меж двор».
Следует признать, что всем этим экономическим бедствиям, вызванным опричниной, способствовали и другие факторы. Это отмечал и В. Б. Кобрин: «Конечно, в этом страшном разорении повинна не только опричнина, иногда мы имеем дело лишь с косвенными ее последствиями. Дело в том, что в годы опричнины резко вырос налоговый гнет. 100 тысяч рублей, которые Иван IV взял с земщины за свой „подъем", были только началом. Нельзя, впрочем, забывать и о том, что в 1570–1571 годах в России свирепствовала эпидемия чумы, унесшая множество человеческих жизней. Ее, разумеется, не поставишь в счет опричнине». Но ученый совершенно прав, считая все голодные годы, эпидемии и пожары второстепенными причинами несчастий, обрушившихся на Россию, по сравнению с опричниной.
И все же роль опричнины в запустении была исключительно велика. Материал для суждений об этом дают нам книги «обысков» – расследований о причинах запустения тех или иных сел и деревень Новгородской земли. В некоторых случаях причиной гибели или бегства крестьян называют «немцев» – шведские войска, вторгшиеся в ходе Ливонской войны на часть территории Новгородской земли. Но куда больше записей такого рода: «...опритчинные на правежи замучили, дети з голоду примерли», «опритчина живот пограбели, а скотину засекли, а сам умер, дети безвесно збежали», «опричинныи замучили, живот пограбели, дом сожгли». Часто оказывается, что запустение наступило и от «царевых податей», то есть, в конечном счете, от той же опричнины, которая резко усилила налоговое ярмо.
Разумеется, Новгородская земля подверглась особому погрому, но сведения такого рода сохранились и по другим районам. Так, в Двинской земле страшному разгрому подверглось несколько волостей, где собирал недоимки опричник Басарга Леонтьев. Басарга был опытен: недаром накануне опричнины он был главным начальником над тюрьмами Москвы. Через несколько лет в официальных документах писали, что волости запустели «от гладу, и от мору, и от Басаргина правежу». В 90-х годах XVI века один из феодалов вспоминал в своем завещании, что его село и деревню в Рузском уезде «опришницы розвозили, и та земля стояла в пусте лет з двацеть». И после определения роли опричнины в злосчастии страны В. Б. Кобрин пишет и о других причинах упадка России:
«Народные бедствия усугублялись вдобавок к эпидемиям и бесчинствам опричников и неурожаем, „хлебным недородом". Его причины крылись не только в неблагоприятной погоде, но и в невозможности спокойно вести хозяйство в условиях мобилизаций крестьян для обозной повинности в войсках, грабежей и насильственной экспроприации. Крестьянское хозяйство лишалось резервов, и первый недород нарушал неустойчивое равновесие. Начался голод, стала массовой смертность. „Из-за кусочка хлеба человек убивал человека, – пишет Штаден. – А у великого князя по дворам в его подклетных селах (личные села царя. – В. К.)... стояло много тысяч скирд необмолоченного хлеба в снопах. Но он не хотел продавать его своим подданным, и много тысяч людей умерло в стране от голода"».
Это не клеветнические россказни недоброжелательного иностранца. О голоде единодушно твердят все источники. Вот цитаты из русских летописцев: «Глад... велик»; «Недород был великой хлебного плоду»; «Мор был силен по всей Русской земли»; «Мор и глад». Еще один текст, уже не из летописца, а из челобитной властей Троице-Сергиева монастыря: «Крестьяне от глада и от поветрея (эпидемии. – В. К.) вымерли». Летописям вторят бесстрастные материалы земельных описаний. В некоторых пятинах Новгородской земли количество пустых дворов, в которых не осталось жителей, превышало 90 процентов. Во всей Новгородской земле осталась всего лишь пятая часть населения. К тому же возросли подати, а цены на хлеб подскочили в четыре раза. Так что можно согласиться с псковским летописцем, который лаконично подвел итог: «Царь учиниша опричнину... И от того бысть запустение велие Русской земли».
Поставив все факторы, повлиявшие на Россию в эпоху Ивана Грозного, в причинно-следственный ряд, В. Б. Кобрин сделал верные и далеко идущие выводы о месте и роли опричнины в истории нашего отечества:
«Это опустошение страны сыграло значительную, если не решающую, роль в утверждении крепостного права в России. Когда в 1581 году царь Иван временно запретил крестьянам переходить от одного владельца к другому даже в Юрьев день (26 ноября), он, должно быть, думал не о введении крепостного права, а о поисках выхода из сложившегося благодаря его же действиям кризисного положения. Искал же он этот выход на путях привычных ему командных методов. Крестьяне бегут? Так приказать, чтобы не бегали, а сидели на своих местах, там, где записаны в писцовые книги. Этот ход рассуждений, популярный даже в нашу просвещенную эпоху, – обычная попытка лечить симптом вместо болезни, вызванная святой и наивной верой в силу приказа».