Восточно-иранские племена появились в районе Амударьи и Сырдарьи еще до середины I тысячелетия до н.э. Территория современного Таджикистана оказалась заселенной согдийцами на севере и бактрийцами на юге. Земледельческая область Согдиана, включавшая Фергану и долину Зеравшана и достигавшая на западе района Бухары, играла важную роль в международной торговле, поскольку находилась на торговых путях, связывавших Китай и Средний Восток. Позднее, между 8 и 10 вв., ее жители были ассимилированы ираноязычными племенами. В состав таджикской народности вошли потомки согдийцев, бактрийцев и других иранских племен, наряду с различными тюркскими и, в меньшей степени, монгольскими народностями, появившимися позднее на этой территории.
В 6 в. до н.э. значительная часть Средней Азии была захвачена персидской державой Ахеменидов. Однако уже в 4 в. до н.э. империя Ахеменидов пала под ударами войск Александра Македонского; Александр захватил Согдиану и Бактрию и покорил множество других народов. К концу его короткого царствования Греко-Бактрийское царство распространяло свою власть на территории современных Таджикистана, Афганистана, Пакистана и северо-западной Индии.
После периода внутренних волнений и вторжений кочевников с севера в 1 в. н.э. образовалось новое могущественное государство — Кушанская империя, объединившая юго-восток Средней Азии, Афганистан и северные районы Индии. Это государство вело оживленную торговлю с Китаем и Римом. Среднеазиатские и афганские народы, входившие в состав Кушанского царства, придерживались религии зороастризма; был распространен также буддизм, проникавший сюда вдоль торговых путей (таким образом он проник и в Китай). В Согдиане зороастризм долгое время оставался господствующей религией, пока не был вытеснен исламом.
В 3 в. начался распад Кушанской империи, и ее владения в Средней Азии — главным образом Согдиана и Бактрия — на короткое время перешли под власть новой персидской державы — империи Сасанидов. В этих областях распространились персидский язык и культура.
В конце владычества Сасанидов в южных районах Средней Азии росло влияние тюркских племен по мере их продвижения на запад и на юг. В 6 в. н.э. эти племена достигли границ владений Сасанидов. В конце концов население равнинных частей бассейнов Амударьи и Сырдарьи стало скорее тюркским, чем иранским.
Завоевание Средней Азии арабами принесло с собой коренные изменения. К середине 7 в. арабы уже одержали верх над Сасанидами в Иране, а к концу века они захватили ряд ключевых районов в Средней Азии, включая согдийские города Бухару и Самарканд. Арабские походы против согдийцев и их тюркских союзников — временами и против китайцев — продолжались и в 8 в. и закончились победой арабов. В Арабском халифате большую роль играла мусульманская религия. В завоеванных среднеазиатских городах и оазисах произошло массовое обращение жителей в ислам. В более удаленных районах Таджикистана этот процесс занял несколько столетий.
По мере того как ослабевало центральное правительство в Арабском халифате, фактическая власть на местах переходила в руки региональных династий. Наибольший след в таджикской истории оставила династия Саманидов (875-999), объединившая под своей властью земли от Сырдарьи до юго-западного Ирана; ее столица находилась в Бухаре. Покровительство Саманидов способствовало возрождению персидского языка как литературного. Именно в это время персидский язык стал превалировать в Средней Азии над восточно-иранскими. Бльшая часть Таджикистана находилась под властью или непосредственно Саманидов, или их вассалов; некоторые южные районы были тесно связаны с северным Афганистаном.
В конце 10 в. владения Саманидов были поделены между двумя тюркскими династиями. Территория, которая позднее стала Таджикистаном, находилась под властью различных тюркских правителей до тех пор, пока не была включена в состав монгольской империи в 13 в. В конце 14 в. Тимур (Тамерлан) попытался создать новую империю, сравнимую по размерам и могуществу с монгольской, но с центром в его среднеазиатских владениях.
Завоевание большей части Средней Азии тюркской народностью узбеков привело к созданию отдельных ханств, которые просуществовали вплоть до 19 в. (когда эта область была присоединена к России), а некоторые и дольше. Враждебные отношения между узбекскими ханами и персидскими шахами, соперничавшими из-за власти и территории, препятствовали установлению более широких контактов узбекских ханств с внешним миром и способствовали укоренению здесь жесткого исламского консерватизма; растущая изоляция региона была также связана со смещением маршрутов торговых путей на север и юг. Бльшая часть южного Таджикистана находилась под властью Бухарского хана (позднее — эмира). Правители Бухары и кокандские ханы оспаривали друг у друга контроль над северным Таджикистаном.
В 19 в., когда Средняя Азия была присоединена к России, политические границы изменились. Бухарское ханство в 1818, согласно двустороннему договору, стало зависимым от России государством, а Кокандское ханство в 1876 было упразднено, и его земли вошли в состав Туркестанского генерал-губернаторства.
Присоединение Средней Азии к Российской империи оказало влияние на взгляды немногочисленной интеллигенции Таджикистана, которая находилась под впечатлением новшеств в России и прониклась реформистскими идеями, распространенными среди татарской и турецкой интеллигенции. Одним из основных сторонников реформ был Ахмад-Махдум Дониш (1827-1897), который трижды посетил Россию как посланник бухарского эмира. В своих произведениях, написанных на персидском языке, и в беседах в кругу своих учеников он критиковал тиранию правящей династии Бухары как недальновидную и ратовал за преобразования по примеру России. Часть образованной таджикской и узбекской молодежи примкнула к реформистскому движению джадидизма.
Во время Первой мировой войны положение в Средней Азии ухудшилось. Увеличился вывоз сырья, в частности хлопка, сократился ввоз хлеба и промышленных изделий из России. В 1916 был неурожай, Туркестану грозил голод. Кроме того, 2 июля царское правительство приступило к мобилизации мусульман в российскую армию на тыловые работы. В ответ на это в Худжанде вспыхнуло стихийное восстание, которое затем перекинулось в другие города и районы. К концу года восстание было подавлено ценой многих тысяч жизней и больших разрушений.
После падения царского самодержавия в марте 1917 некоторое время в Средней Азии практически не существовало реальной власти, и судьба региона в конечном счете решалась Красной Армией. Вооруженная борьба продолжалась до 1925. Некоторые таджики поддерживали большевиков, другие — антибольшевистское движение басмачей; в последнем преобладали узбеки, оплотом которых являлись земли восточной Бухары. Часть таджиков оказалась непроизвольно втянутой в вооруженную борьбу противостоящих сторон. Тысячи крестьян и скотоводов-кочевников бежали из восточной Бухары в Афганистан, спасаясь от кровопролитий и голода.
В середине 1920-х годов правительство приступило к делению Средней Азии на несколько республик по этническому признаку. В 1924 советское правительство объявило о создании автономной республики Таджикистан в составе Узбекской Советской Социалистической республики (УзССР). В 1929 автономия была преобразована в Таджикскую ССР и вошла в состав СССР.
Первые десятилетия советской власти в Таджикистане принесли заметные социальные и экономические перемены. В середине 1920-х годов была начата кампания по ликвидации неграмотности, в конце того же десятилетия проводились антирелигиозная кампания и насильственная коллективизация крестьян, сопровождавшаяся многочисленными жертвами. В ходе коллективизации колхозы ориентировались на выращивание хлопчатника и строительство ирригационных систем.
Подавление волнений, вызванных коллективизацией, а также изначальное недоверие советской власти к этническим меньшинствам и сталинский курс на усиление репрессий в 1930-е годы проявились в волнах политических чисток, затронувших все слои общества, от высокопоставленных чиновников до рядовых граждан; особенно жестокие репрессии пришлись на 1933-1934 и 1937-1938.
В 1930-е годы и во время Второй мировой войны в стране проводилась плановая индустриализация, которая сопровождалась перестройкой национальной экономики и притоком квалифицированной рабочей силы из России и других республик СССР.
В послевоенный период продолжалась «советизация» Таджикистана. Несмотря на усилия советского режима подорвать позиции ислама в Таджикистане, для большинства таджиков он оставался существенным фактором при определении системы ценностей и влиял на их поведение и культуру. Представители таджикской интеллигенции проводили компромиссную политику лояльности к идеям советской власти и в то же время стремились сохранить и культивировать национальное самосознание и традиции. По мере того, как увеличивалось число образованных людей, они все более критически относились к советской системе.
Реформы, начатые М.С.Горбачевым, ослабили жесткий контроль над обществом и создали предпосылки для возникновения открытой оппозиции режиму. Вскоре Горбачев освободил от должности первого секретаря КПТ Рахмона Набиева, назначенного на этот пост Л.И.Брежневым.
В республике ширились оппозиционные выступления, свидетельствовавшие о росте национального самосознания таджиков. Они критиковали систему централизованного планирования хозяйства как наносящую вред экономике и окружающей среде, а руководство Таджикистана — за его медлительность в проведении реформ. Выдвигалось требование разрешить открыто исповедовать ислам и отменить ограничения, наложенные советским режимом.
Среди населения росло недовольство. В 1989 произошел ряд конфликтов на этнической почве, спровоцированных экономическими трудностями и направленных главным образом против мусульман-нетаджиков. Эти вспышки были локализованы и не сопровождались существенными человеческими жертвами. В середине февраля 1990, после того как правительственные войска разогнали демонстрацию с применением оружия, в Душанбе произошли беспорядки. Демонстранты протестовали против привилегий, которые якобы предоставлялись армянским беженцам из Азербайджана (слухи оказались весьма преувеличенными), а также выражали недовольство политическим руководством за то, что оно медлит с реформами. При разгоне демонстрации с обеих сторон погибли 25 человек, 685 были ранены.
В качестве ответной меры правительство объявило чрезвычайное положение, которое сохранялось до июля 1991. При этом преследовались две цели — достижение порядка и общественного спокойствия и ограничение деятельности политической оппозиции.
Борьба за власть между консервативными коммунистическими лидерами и сторонниками реформ обострилась после путча в Москве в августе 1991. Поддержавший путчистов президент Махкамов 31 августа был вынужден оставить свой пост под давлением массовых выступлений населения и внутрипартийной борьбы.
После отставки Махкамова исполняющим обязанности президента стал К.Аслонов, председатель Верховного совета республики; он издал декрет, запрещающий деятельность КПТ. Однако 23 сентября Верховный совет, в котором большинство составляли коммунисты, отменил запрет, ввел чрезвычайное положение и вынудил Аслонова уйти в отставку. Депутаты-коммунисты выдвинули на пост президента Рахмона Набиева. Эти действия вызвали такую волну протестов, что через неделю Верховный совет вынужден был отменить чрезвычайное положение и вынести решение о «приостановке» (опять-таки временной) деятельности КПТ. Выборы на многопартийной основе состоялись 24 ноября 1991. В них участвовало семь кандидатов, и победу на них одержал Набиев, набравший 57% голосов.
Репрессивные меры, к которым с самого начала прибегло правительство Набиева, в начале 1992 спровоцировали массовые демонстрации, перешедшие в мае в воореженные столкновения. Набиев был вынужден вступить в переговоры с оппозицией и согласиться на формирование коалиционного правительства и выборы нового законодательного органа, в котором коммунисты не имели бы явного перевеса. Вскоре после создания коалиционного правительства консерваторы-коммунисты начали вооруженные действия против сил оппозиции на юге страны. Летом 1992 в стране разгорелась гражданская война. В начале сентября 1992 отряд вооруженной молодежи захватил Набиева в душанбинском аэропорту и вынудил его заявить о своей отставке. Исполняющим обязанности президента стал Акбаршо Искандаров, председатель Верховного совета республики; в ноябре он ушел со своего поста в надежде, что это успокоит консерваторов. Верховный совет, в котором по-прежнему преобладали противники реформ, упразднил пост президента. Лишившись руководства Набиева, антиреформисты продолжали вооруженную борьбу и 10 декабря 1992 захватили Душанбе. Победители избрали председателем Верховного совета Эмомали Рахмонова. В 1994 была подготовлена новая конституция, восстанавливавшая пост президента. В ноябре 1994 в результате проходивших одновременно (с множеством нарушений) референдума и президентских выборов эта конституция была одобрена и Рахмонов был избран президентом Таджикистана. В феврале-марте 1995 прошли выборы в новый законодательный орган, Маджлиси Оли.
Гражданская война и последовавшие за ней гонения на противников режима вынудили около полумиллиона жителей бросить свои дома; они бежали в другие районы Таджикистана и в страны СНГ, а ок. 50 тыс. человек — в Афганистан. Тысячи жителей погибли во время вооруженных конфликтов. Среди них были и участники военных действий как с одной, так и с другой из противоборствующих сторон, но большинство составили мирные жители.
Современную ситуацию в Таджикистане можно охарактеризовать как нестабильную. В отдельных районах республики возникают вооруженные конфликты, проводятся террористические акции.