По преданию, в 4 в. н.э. христианин-каменотес по имени Марино, уроженец острова Раб у побережья Далмации, прибыл в Римини и в поисках убежища укрылся на горе Титано. Там он собрал группу христиан, тоже скрывавшихся от преследований во времена императора Диоклетиана. Впоследствии Марино был причислен к лику святых, а его община получила статус небольшого государства, вероятно, самого древнего из ныне существующих в Европе. На первых порах сама его незначительность была гарантией от вторжений. Позднее Сан-Марино стал объектом нападений венгров, сарацинов и норманнов, и в целях защиты на горе Титано были возведены укрепления.
В 11 в. Сан-Марино получил статус коммуны и распространил свою власть на близлежащие земли. Это встретило противодействие со стороны феодалов-епископов из Монтефельтро и Римини, но папа Пий II и герцог Урбинский признали независимость Сан-Марино и даровали ему поселения Фьорентино, Монтеджардино и Серравалле. Затем к Сан-Марино добровольно присоединился Фаэтано. С 1463 границы страны остаются неизменными. В 1503 территория Сан-Марино в течение нескольких месяцев была оккупирована Цезарем Борджа, а в 1739 — кардиналом Джулио Альберони. В первом случае освобождение санмаринцев произошло после смерти тирана, а во втором — в результате акта гражданского неповиновения и обращения к папе с просьбой восстановить справедливость. Папа признал все права Сан-Марино, и государству была возвращена независимость.
Наполеон признавал независимость республики. Ее суверенитет подтвердил также Венский конгресс в 1815. В период борьбы за объединение Италии Сан-Марино предоставлял убежище многим известным изгнанникам и беженцам, включая Джузеппе Гарибальди, его жене и помощникам после падения Римской республики в 1849. В 1851 войска Австро-Венгрии и Ватикана вошли в Сан-Марино, чтобы арестовать некоторых бывших членов Римской ассамблеи.
В результате мирной революции 1906 произошло восстановление прежней системы выборов Большого совета на заседании Аренго (собрании глав семей). В 1920 Аренго был расширен путем привлечения всех взрослых граждан. В Сан-Марино сформировались такие же политические партии, как в Италии. После Первой мировой войны наибольшим влиянием пользовалась социалистическая партия. С установлением в Италии власти Муссолини набрала силу местная фашистская группировка. С падением его правительства в 1943 в Сан-Марино к власти пришли антифашисты. Во время Второй мировой войны Республика Сан-Марино дала убежище 100 тыс. беженцев.
В 1947 на первых послевоенных выборах коммунисты и социалисты получили большинство голосов в законодательном органе, и это положение сохранялось до 1957. Когда шесть советников-социалистов вышли из правительственной коалиции в 1957, оппозиция стала претендовать на большинство в правительстве. Коммунисты и социалисты ответили роспуском Большого совета и назначением новых выборов, на которых победили представители оппозиционных партий. Созданное ими правительство было сразу же признано Италией и США.
После провала переговоров коалиция коммунистов и социалистов признала свое поражение, и в стране стало править большинство, представленное христианскими демократами и социал-демократами. Коалиция вновь одерживала победу на выборах 1964 и 1969. После выборов 1974 большинство христианских демократов объединилось с депутатами из отколовшейся социалистической партии. С 1978 по 1986 коалиционное правительство состояло из представителей коммунистической, социалистической и социалистической единой партий. Однако в 1986 этот блок распался из-за разногласий по вопросам внешней политики, и коммунисты составили беспрецедентную коалицию с христианскими демократами. Этот тандем оставался у власти и после выборов 1988. В мае 1990 коммунистическая партия была упразднена и преобразована в Санмаринскую прогрессивно-демократическую партию. На выборах 1993 христианские демократы сформировали правительство в коалиции с социалистами. Коалиция осталась у власти и после выборов в мае 1998.