Территория, занятая современной Молдавией, издавна попадала в сферу интересов разных государств, в частности в последние столетия — Османской и Российской империй. Независимое Молдавское княжество, которое включало нынешнюю Молдавию, возникло в середине 14 в. Несмотря на активное сопротивление князя (господаря) Стефана III Великого (1457–1504), одержавшего ряд крупных побед, Молдавии не удалось противостоять военной мощи Османской империи. Потерпев поражение, Молдавия была вынуждена платить дань, правители Османской империи назначали молдавских господарей. Молдавские земли неоднократно опустошались иностранными армиями, которые вторгались в ее пределы. Современное деление на восточную и западную Молдавию восходит к самому началу 18 в. Часть территории, расположенную к востоку от Днестра, Османская империя уступила России в 1792 по Ясскому мирному договору. Бессарабия была аннексирована Россией после Русско-турецкой войны 1806–1812. В 1858 западная часть Молдавии вместе с Валахией составили основу Румынского государства.
В период российского правления численность населения Бессарабии быстро возросла за счет естественного прироста и притока иммигрантов, главным образом русских и украинцев, а также болгар и гагаузов. В 1918 под влиянием России политические лидеры Бессарабии сформировали национальный совет Сфатул Цэрий. В марте того же года он проголосовал за объединение с Румынией.
Советская Россия не признавала этот политический акт. Коммунисты Бессарабии агитировали за объединение с СССР. Советские власти в 1924 создали к востоку от Днестра Молдавскую Автономную Социалистическую Республику, где молдаване составляли меньшинство населения. Это образование вошло в состав Украинской ССР. Столицей Молдавской АССР в 1925 стал город Балта, а в 1929 — Тирасполь.
В июне 1940 под сильным политическим давлением Румыния уступила Бессарабию СССР. 2 августа 1940 была создана Молдавская Советская Социалистическая Республика, объединившая бльшую часть Бессарабии и значительную (но не всю) часть Молдавской АССР. Северные и южные районы Бессарабии отошли к Украине.
Образование Молдавской ССР сопровождалось значительными социальными и экономическими изменениями. Многие этнические румыны, в основном представители среднего и высшего классов, переселились из Бессарабии в Румынию. В самой Бессарабии в послевоенные годы происходили репрессии, немало людей погибло от голода. Нехватка рабочих рук стимулировала массовую иммиграцию из других советских республик, в основном из России и Украины.
В советский период в Молдавии наблюдался значительный экономический рост. Однако большинство молдаван проживало в сельской местности, поэтому у них не было доступа к специальному образованию и квалифицированному труду. Структура занятости среди этнических групп претерпела значительную трансформацию. Немолдаване играли весьма существенную роль в городской экономике, а молдаванам доставались менее престижные и низко оплачиваемые виды деятельности. Такая модель развития в условиях интеграции страны в общесоветскую экономику породила межэтнические конфликты. Утверждалось, что Молдавия и Румыния — две разные страны, а молдаване и румыны — совершенно разные нации. Эта позиция особенно бросалась в глаза при манипуляциях в вопросе о языке. Согласно официальной советской версии, выработанной еще в 1930-х годах, молдавский язык отличается от румынского, и это аргументировалось прежде всего тем, что в молдавской письменности используется кириллица. В годы Второй мировой войны началась волна новых репрессий против молдаван. Экономическая и политическая элита в 1940–1941 вслед за присоединением Бессарабии к СССР подверглась репрессиям; новая волна репрессий началась после освобождения региона Советской армией в 1944. В 1946–1947 Молдавия пережила сильную засуху. Органы советской власти отказывались уменьшить обязательные поставки зерна государству, что привело к голоду и гибели тысяч людей. Сразу после этого бедствия была проведена насильственная коллективизация, более 30 тыс. человек были депортированы. Руководство республикой перешло к представителям немолдавской национальности.
Все эти обстоятельства способствовали росту молдавского национального движения, которое усилилось во второй половине 1980-х годов. В середине 1988 известные молдавские писатели активно участвовали в организации Демократического движения поддержки перестройки и потребовали от КПМ принятия законов о демократизации и реформе языка. Основным объектом критики стало засилье русского языка в средствах массовой информации.
В 1989, несмотря на уступки правительства, волнения продолжали нарастать. 27 августа 1989 активисты, выступавшие за реформы, предприняли массовую демонстрацию свой силы: в манифестации в центре Кишинева приняли участие свыше 100 тыс. человек. 31 августа Верховный совет Молдавии постановил считать румынский язык государственным языком, как того требовал Народный фронт.
Возросшее влияние Народного фронта в сочетании с перспективой достижения полного контроля в управлении государством со стороны молдаван вызвало негативную реакцию у республиканских меньшинств, особенно у русских и менее многочисленных гагаузов. Бльшая часть русских поддерживала «Единство» — политическое движение, которое возникло в Приднестровье и отстаивало сохранение русского языка в качестве государственного. Его лидеры обвиняли молдавских национальных лидеров в целенаправленном разжигании межэтнических конфликтов. Ведущая политическая организация гагаузского меньшинства Гагаузский народ в основном поддержала инициативы русских активистов, а также выдвинула предложение, чтобы южные районы, где компактно проживают гагаузы, получили статус автономий с особыми полномочиями, позволяющими защищать их культурные и экономические интересы.
Выборы в республиканский Верховный Совет в 1990 привели к дальнейшей поляризации сил. Из списка кандидатов от Народного фронта был избран 101 депутат (27% от общего числа). Почти равный по силе парламентский блок составили представители консервативных движений и национальных меньшинств. Тем не менее Народному фронту при поддержке центристских депутатов удалось взять под контроль более половины голосов в новом законодательном органе. Сторонник Народного фронта Мирча Снегур был избран председателем Верховного Совета (он стал называться президентом республики в сентябре 1991 и являлся единственным кандидатом на президентских выборах в декабре того же года). Ион Хадыркэ, председатель исполнительного совета Народного фронта, стал первым заместителем председателя Верховного Совета МССР.
Почти одновременно вспыхнул острый конфликт в рамках законодательной власти. Прошло предложение о восстановлении прежнего молдавского флага, несмотря на активное противодействие оппозиции; против него активно выступили в районах, где проживали национальные меньшинства. В состав правительства, избранного Верховным Советом, вошли преимущественно молдаване, что давало представителям меньшинств минимальную надежду на учет их интересов при решении ключевых вопросов. После ряда силовых столкновений в Кишиневе 100 депутатов, находившихся в оппозиции к Народному фронту, вышли из состава парламента 24 мая 1990. Городские администрации Тирасполя, Бендер и Рыбницы официально объявили о приостановлении действия закона о национальном флаге на подчиненных им территориях. 21 августа 1990 было объявлено о создании Гагаузской ССР, в состав которой вошли пять районов компактного проживания гагаузов. 2 сентября 1993 славяне Приднестровья приняли Декларацию об образовании Приднестровской Молдавской ССР. Напряженность между сторонниками автономии и правительством Молдавии резко возросла.
В середине 1992 вооруженные столкновения между правительством и приверженцами автономии достигли кульминации и переросли в гражданскую войну. К концу лета 1992 число погибших в ней превысило 300 человек. Бльшая часть города Бендеры, который стал главным центром конфликта, была разрушена, и тысячи беженцев покинули этот район. После установления перемирия начались переговоры о будущем страны.
Конфликт в Приднестровье усилил поляризацию молдавского общества и привел к снижению популярности Народного фронта. Рост неприязни к депутатам Народного фронта, число которых постоянно уменьшалось за счет перехода в оппозиционные партии, привел к тому, что парламент проголосовал за самороспуск и проведение новых выборов 27 февраля 1994.
Эти выборы были отмечены резким изменением политического курса — отказом от политики, проводившейся на ранних этапах периода независимого развития. Крайне экстремистские прорумынские националистические партии в основном утратили свое политическое влияние, на смену им выдвинулись партии, отстаивавшие национальную независимость. Наибольшую популярность приобрела Аграрная демократическая партия (АРП), за которую отдали голоса 43,2% электората; она получила в парламенте 56 из 104 мест. Социалистический блок, союзник аграриев, получил 28 мест. Прорумынские партии набрали всего 17% голосов.
Окончательные результаты выборов незамедлительно сказались на политической жизни Молдавии. Правительство аграриев, имея большинство мест в парламенте, достигло политического консенсуса и немедленно приступило к переориентации внешней и внутренней политики. Власти подписали соглашение с Гагаузией, разрешив тем самым критическую ситуацию, продиктованную стремлением гагаузов к автономии. 23 декабря 1994 парламент Республики Молдова принял закон о территориальной автономии Гагаузии (Гагауз Ери). С 1992 большей автономии добивается южный, населенный в основном болгарами, Тараклийский район. Предпринимались шаги к урегулированию отношений с властями Приднестровья, хотя не столь активные из-за нежелания Тирасполя и Москвы идти на компромисс. 29 июля 1994 была введена в действие новая конституция. Этот документ отразил «молдавскую» ориентацию нового политического большинства. Ссылки на румынский язык и румынский народ, которые характеризовали главные положения ранних проектов конституции, были изъяты и заменены ссылками на молдавский язык и молдавский народ, в то время как национальная независимость сохранялась в качестве главного принципа молдавской государственности.
Разочарование в этих дополнениях к конституции вызвало протест со стороны студенческих групп в марте-апреле 1995. Чтобы обуздать проявления недовольства, президент Снегур ввел шестимесячный мораторий на обсуждение вопроса о языке и создал специальную комиссию для его рассмотрения. В то же время парламент дважды — в 1994 и 1995 — отвергал предложение признать румынский в качестве государственного языка.
В июне 1995 президент Снегур отошел от руководства АДП, не согласившись с ее требованием утвердить румынский язык в качестве государственного. Конфликты Снегура с руководством АДП не прекращались. Когда он в 1996 попытался отправить в отставку министра обороны Павла Крянгэ, парламент признал это решение неконституционным.
На президентских выборах в ноябре 1996 ни один из кандидатов не набрал необходимых 50% голосов. Повторные выборы состоялись в декабре, в первом туре Снегур получил 39% голосов, а кандидат от АДП Петр Лучинский — 28%. Лучинский выиграл второй тур с 54% голосов и в январе 1997 вступил в должность президента.
В первый год президентства Лучинский настойчиво поддерживал экономические реформы. Основным оппонентом рыночных реформ выступала ПКМ. На парламентских выборах в марте 1998 коммунисты завоевали 30% голосов (40 мест) в парламенте. Поскольку ни одна из партий не получила решающего большинства мест, было сформировано коалиционное правительство с участием Движения за демократическую и процветающую Молдавию, Демократической конвенции Молдавии и Партии демократических сил. Новый парламент признал румынский государственным языком Молдавии.
Конституция 1994 подтвердила неизменный нейтралитет Республики Молдовы в международных отношениях. Статус Приднестровья специально не оговаривался, но констатировалось, что населенным пунктам левобережья Днестра могут быть предоставлены особые формы и условия автономии. Детальные переговоры по поводу статуса Приднестровья велись в 1995. В середине 1996 правительства Молдавии и Приднестровья пришли к соглашению об автономном статусе Приднестровья. Ход переговоров сдерживался из-за непрекращавшихся споров об условиях вывода российских войск и военной техники из Приднестровья. Восточная часть бывшей Молдавской ССР, непризнанная Приднестровская Молдавская Республика (ПМР) со столицей в Тирасполе де-факто не входит в состав Республики Молдова. Законодательная и исполнительная ветви власти ПМР игнорируют законы Молдавии. ПМР имеет все атрибуты государственности (флаг, столицу, президента, парламент, таможни, милицию, финансы).
В противоположность ПМР лидеры Гагаузии в конце 1994 достигли соглашения с правительством Молдавии об условиях автономии. В соответствии с ними районам Гагаузии гарантировалось местное самоуправление, и гагаузский язык стал одним из трех официальных языков — наряду с молдавским и русским. Народное собрание Гагаузии (Халк Топлошу) получило ограниченные законодательные полномочия. Высшим должностным лицом Гагаузии является ее глава (башкан), который избирается сроком на четыре года на основе всеобщего, равного, прямого избирательного права при тайном и свободном голосовании на альтернативной основе. На региональном референдуме, состоявшемся в марте 1995, были определены официальные границы Гагаузии.
К концу 1998 Молдавия столкнулась с сильнейшим за годы независимости кризисом. В экономике он был обусловлен резким падением торгового оборота с Россией после дефолта 17 августа 1998, дальнейшим снижением промышленного производства и сокращением ВВП (в 1998 по сравнению с 1997 соответственно на 10% и 7%), девальвацией лея на 50%, ростом цен на продукты на 20–40%. У половины трудоспособных граждан Молдавии средняя месячная заработная плата не превышала 20 долл. Принятый 12 декабря 1998 бюджет (доходная часть — 2,25 млрд. лей, или 300 млн. долл., расходная — 2,45 млрд. лей, или 330 млн. долл.) принимался с расчетом на кредиты МВФ, которые в 1999 поступали с задержками. В январе 1999 цены на коммунальные услуги и некоторые товары поднялись на 70%.
Выход из кризиса руководство Молдавии видит в ужесточении финансовой дисциплины и переориентации торговых связей на страны СНГ, Ближнего Востока и Китая. Во внутренней политике президент Лучинский на консультативном референдуме 23 мая 1999 в ходе выборов в местные органы власти поставил вопрос о введении президентского правления, изменив тем самым некоторые положения Конституции 1994. Это предложение не получило поддержки большинства. Во внешней политике Молдавия проводит прозападный курс, с осуждением агрессии НАТО против Югославии выступают только коммунисты.