Наиболее древние следы обитания человека на территории Киргизии, обнаруженные в Центральном Тянь-Шане (близ озера Исыык-Куль) и в Ферганской долине, восходят к палеолиту. Палеолитические орудия были найдены также на юге, в районе Капчигая. В окрестностях Бишкека и Нарына были обнаружены неолитические поселения. В пещерах в долине р.Сары-Джаз найдены наскальные изображения животных. Племена, жившие здесь в V-III тысячелетиях до н.э., изготавливали каменные орудия, глиняную посуду, пользовались луком и стрелами. К этому времени относится начало скотоводства и земледелия. Позднее, в бронзовый век, все чаще использовались орудия из бронзы, а затем из меди. В разных районах Киргизии обитали обособленные группы земледельцев и скотоводов.
Хозяйственный уклад и социальная структура населения претерпели существенные изменения в 7-6 вв. до н.э. Широко распространяется использование железных орудий и оружия, кочевники объединяются и образуют племенные союзы, земледельческие общины используют рабский труд. Первое из известных объединений племен — саки — образовалось на севере рассматриваемой территории и существовало с 7 по 3 вв. до н.э. Позднее, во 2 в. до н.э., часть сакских и массагетских племен вошла в племенной союз во главе с племенем усуней, просуществовавший до 5 в. н.э. Во 2 в. до н.э. южные области вошли в состав государства Паркан, а с 1 по 4 в. н.э. они находились под властью Кушанского царства.
В начале 8 в. н.э. политическая власть находилась в руках тюргешской конфедерации тюркских племен, а в середине века эти земли захватил племенной союз карлуков. В этот период увеличилось количество городов и других поселений в долинах рек Чу и Талас. Земледельцы стали вести активную торговлю не только с кочевыми племенами, но и с большими караванами, следовавшими через долину р.Чу по Шелковому пути из Восточной Европы в Юго-Восточную Азию. Именно в это время здесь впервые появились киргизы.
Первое письменное упоминание о киргизах относится к 569. Сообщается, что в этом году византийский посол получил в подарок раба — киргиза. Киргизские племена упоминаются и как союзники тюрков в их неудачных походах против уйгуров в 8-9 вв. В начале 13 в. киргизы были покорены монголами и только в 1399 вновь обрели независимость.
В 16 в. некоторые киргизские племена попали в зависимость от монголов, другие — подчинились казахам. На протяжении нескольких веков киргизы оказывались во власти тех или иных соседних народов. В середине 18 в. у киргизов сформировались определенные родо-племенные отношения, сохранявшиеся и в 20 в. Во главе каждого рода стоял старейшина — аксакал (белая борода). Старейшины различных родов племени входили в племенной совет. Небольшие племена возглавляли вожди — манапы.
В начале 19 в. киргизы попали в зависимость от Кокандского ханства. Киргизы стремились освободиться от ига ханов; в разных районах страны вспыхивали стихийные восстания: в 1842-1843 — в Иссык-Кульском районе, в 1845 — в окрестностях Оша, восстания таласских и чуйских киргизов происходили в 1857-1858, самое крупное вспыхнуло в 1873-1876.
Киргизия под властью России. Присоединение киргизских земель к России началось в середине 1850-х годов. Российская армия, за которой двигались переселенцы из Европейской части России, захватывала лучшие и наиболее плодородные земли. В 1867 Северная Киргизия была включена в состав Семиреченской области России, а в 1876 южная часть страны вошла в состав Сырдарьинской и Ферганской областей.
В период с 1903 по 1913 численность населения Киргизии уменьшилась примерно на 7-10%, а поголовье стад — на 27%. Восстания против России происходили в Андижане в 1898 и 1916. В результате подавления этих восстаний киргизское население уменьшилось примерно на 30-40% (часть погибла, часть была вынуждена эмигрировать в китайский Туркестан или Афганистан), а поголовье скота уменьшилось на 60-70%.
Советский период. После российской революции 1917 в борьбе за национальную независимость объединились две политические организации Киргизии — группа «Шура-и-ислам» ( «Совет ислама») и националистическая партия «Алашорда». Однако в апреле 1918 центральное правительство большевиков, эмиссары которого вели интенсивную агитацию среди киргизского населения шахтерских поселков и городов, объявило о вхождении Киргизии в состав Туркестанской АССР. Отряды басмачей оказывали вооруженное сопротивление советской власти, но не сумели добиться серьезных успехов. Окончательное подавление сопротивления произошло в конце 1920.
Советская власть внесла значительные изменения в жизнь киргизов. В 1917 было провозглашено равноправие мужчин и женщин, в 1921 запрещено законом многоженство и калым (выкуп за невесту). В 1924 Киргизия была выделена в отдельную Кара-Киргизскую автономную область. В мае 1925 область была переименована в Киргизскую, а в феврале 1926 получила статус Киргизской АССР.
В 1920-1930-е годы в Киргизии происходило бурное развитие промышленности. К 1940 угольные шахты Киргизии давали 88% всего каменного угля, использовавшегося в Средней Азии. Развивались также цветная металлургия, производство сурьмы и ртути, пищевая (производство сахара) и некоторые отрасли легкой промышленности. Начиная с 1929 проводилась коллективизация сельского хозяйства, которое ранее находилось в руках полукочевых племен и родов. Противников коллективизации — богатых скотоводов и землевладельцев (баев) -преследовали, убивали, сажали в тюрьмы; некоторых — лишали собственности и обрекали на голодную смерть. К 1941 в Киргизии существовало ок. 300 тыс. животноводческих колхозов.
В результате сталинских репрессий, пик которых пришелся на 1936-1938, были почти полностью уничтожены научная и творческая интеллигенция и мусульманские священнослужители. В ходе репрессий уничтожались книги и рукописи на арабском языке.
Индустриализация Киргизии продолжалась параллельно с развитием сельского хозяйства и после Второй мировой войны. В начале 1980-х годов возникло движение за установление контактов с киргизами, живущими в других районах СССР, Китае и Афганистане.
Демократическое движение началось в Киргизии в 1990. В октябре 1990 демократической коалиции удалось добиться проведения выборов, на которых был избран первый президент Киргизии. 31 августа 1991, менее чем через две недели после путча в Москве, правительство провозгласило независимость Киргизской республики.
После провозглашения независимости Киргизия столкнулась с экономическими трудностями, связанными с переходом к рыночной экономике, обострились межнациональные конфликты. Ухудшились отношения с узбекским меньшинством: в Ошской области произошли межэтнические столкновения. Подобные же выступления имели место и в соседнем Таджикистане по отношению к киргизскому меньшинству.