Территория Брунея была заселена к 8 в. н.э. В 14 в. эти земли находились под властью индонезийской империи Маджапахит с центром на о.Ява. После ее распада и принятия ислама значительной частью населения этого государства образовался независимый султанат Бруней. К 16 в. султан контролировал бóльшую часть северного побережья о.Калимантан. Торговля с другими странами, особенно с Китаем, заложила основу богатства султаната. Из Брунея китайские купцы вывозили клювы птицы-носорога, безоаровый камень (этим камням из желудка животных приписывались магические свойства), древесину и съедобные ласточкины гнезда в обмен на шелковые ткани, изделия из металла и фарфор.
Султанат Бруней благополучно сохранял свои обширные владения вплоть до 19 в. В 1842 за помощь в подавлении восстания на юго-западе государства правитель Брунея наградил английского авантюриста Джеймса Брука титулом раджи Саравака и передал ему значительную часть этой территории. Образовавшаяся династия «белых раджей» периодически добивалась все новых приобретений, пока султанат не был окружен Сараваком. В 1846 британское правительство, намереваясь положить конец пиратству вдоль побережья, обеспечило себе особые права на о.Лабуан в бухте Бруней. В 1880-е годы султан передал свою часть территории Сабаха британской компании «Северное Борнео». Наконец, в 1888 Великобритания установила протекторат над султанатом Бруней (просуществовавший до 1959), а в 1906 в значительной степени усилила свое влияние в стране.
С 1941 по 1945, во время Второй мировой войны, Бруней был оккупирован японскими войсками. Британская гражданская администрация возобновила свою деятельность в 1946, а в 1959 Брунею была предоставлена внутренняя автономия. В стране была принята конституция. Тенденция к расширению социальной базы правительства была приостановлена в конце 1962 в результате восстания против султана Омара Али Сайфуддина, организованного Народной партией Брунея, которая опасалась вхождения страны в состав планируемой Федерации Малайзия. После подавления восстания полномочия султана стали осуществляться через декреты; эта практика сохранялась до конца 1990-х годов. Однако начиная с 1995 султан дал согласие на созыв национальной ассамблеи для обсуждения вопроса о реформировании политического строя, включая создание всенародно избранного законодательного органа.
В 1963 султан Омар принял решение не присоединяться к Федерации Малайзия, а в 1967 отрекся от престола в пользу своего сына — принца Хасана Болкиаха Муиззадина Ваддаулаха. Спустя четыре года Великобритания предоставила Брунею право самостоятельно решать свои внутренние проблемы. Внешние сношения Брунея и вопросы его обороны оставались прерогативой британского Верховного комиссара до 1 января 1984, когда страна обрела полную независимость.
В 1992 окончательно оформилась концепция «малайской исламской монархии» (Мелаю ислам бераджа), согласно которой основой развития государства являются законы ислама, монархическая система управления и ценности малайской культуры. Реагируя на усилившийся религиозный догматизм, в 1991 султан запретил ввоз в Бруней алкогольных напитков и празднование Рождества. Власти потребовали также, чтобы национальные банки вели свои операции в соответствии с мусульманской деловой практикой.
С середины 1980-х годов благодаря доходам от добычи нефти султан Брунея стал одним из богатейших людей мира. Бруней — член ООН, Ассоциации государств Юго-Восточной Азии (АСЕАН), Организации исламская конфедерация и Движения неприсоединения. Бруней — член Содружества, возглавляемого Великобританией.