В начале I тысячелетия до н.э. на территории северного Ирана сформировалось государство Мана (со столицей Зирта), которое впоследствии значительно расширило свои границы, к середине 7 в. до н.э. ему принадлежала часть территории современного Азербайджана. В первой половине 7 в. до н.э. к югу от Каспийского моря образовалось государство Мидия (со столицей Экбатана), которое покорило Ману, в союзе с Вавилонией уничтожило Ассирийское государство и завоевало Урарту. В середине 6 в. до н.э. Мидия была завоевана Персией. При персидском правителе Атропате (4 в. до н.э.) она называлась Мидийской Атропатеной, или просто Атропатеной, от которого, согласно одной из версий, происходит современное название государства Азербайджан. Согласно другой версии, персидское слово «азер» означает огонь, а Азербайджан можно перевести как «Земля огней (или огнепоклонников)». Позже территория страны входила в состав племенного объединения Кавказская Албания, существовавшего до 4 в. н.э.
С 387 н.э. до середины 7 в. Кавказская Албания находилась под властью сасанидского Ирана, а позже — Арабского халифата. В 8–11 вв. усилилось влияние кочевых тюркских племен, смешивавшихся с местным населением и оказавших воздействие на язык, культуру и политику государства. Персидский язык коренного населения постепенно был вытеснен тюркским диалектом, из которого со временем сформировался самостоятельный азербайджанский язык. В 13 в., после завоевания монголами, Азербайджан вошел в состав государства Хулагуидов и находился под их властью до второй половины 14 в. В конце 14–15 в. на этой територии образовалось государство Ширван. В 15 в., после нашествия Тимура, Азербайджан перешел под власть туркмен, которые основали два соперничавших государства — Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу.
В начале 16 в. Азербайджан стал оплотом местной династии Сефевидов, которая путем завоеваний и энергичной политики централизации создала новое обширное персидское государство от Сырдарьи до Евфрата со столицей Тебриз. Шах Исмаил I (правил в 1502–1524) объявил шиизм государственной религией, что отдалило азербайджанцев от тюрок-сельджуков. При Сефевидах Азербайджан часто становился полем сражений в войнах между шиитской Персией и суннитской Турцией. Из-за угрозы османских вторжений столица Сефевидов была перенесена из Тебриза в Казвин, а позже в Исфахан. Азербайджан, будучи стратегически важной провинцией, управлялся губернатором, который обычно совмещал эту должность с высшим воинским званием сепахсалара. Азербайджан оставался под властью Персии вплоть до начала 18 в. В 1723 русские войска оккупировали Баку и прикаспийские земли к югу от него, вплоть до Решта. Однако бóльшую часть Азербайджана захватила Турция. По договору Турции и России 1724 (Стамбульский мир), в состав России вошли прикаспийские области, включая Баку, Сальяны и Ленкорань, остальная часть Азербайджана отошла к Турции.
Борьбу Персии с Турцией за возвращение персидских земель возглавил полководец Надир. В 1734 он отвоевал у турок Гянджу, а в 1735 подписал с Россией договор о передаче Персии прикаспийских земель. В 1736 Надир стал шахом Персии, а после его убийства в 1747 на территории Персии, к северу от р.Аракс, образовались 15 самостоятельных ханств, в том числе Карабахское, Шекинское, Ширванское, Бакинское, Гянджинское, Кубинское, Нахичеванское, Дербентское и Талышское. Вторая половина 18 в. отмечена соперничеством Турции и Персии, политической раздробленностью и междоусобицами, облегчившими проникновение России в Закавказье. Вызов этому процессу был брошен Персией, усилившейся при шахской династии Каджаров. Первая русско-персидская война (1804–1813) закончилась Гюлистанским миром (1813), по которому к России отошли Карабахское, Гянджинское, Шекинское, Ширванское, Кубинское, Дербентское, Бакинское и Талышское ханства, а также Западная Грузия (Имеретия и Абхазия) и Дагестан. Вторая война (1826–1828), в которой Россия также одержала победу, завершилась Туркманчайским миром (1828), по которому к России отошли крупные ханства — Нахичеванское и Эриванское, а Азербайджан был разделен между Персией и Россией. Граница прошла по р.Аракс.
Во второй половине 19 в. началось быстрое экономическое развитие российского Азербайджана. В 1848 была пробурена первая нефтяная скважина на месторождении Биби-Эйбат, в 1859 в Сураханах был построен первый нефтеперегонный завод, в 1863 — первый керосиновый завод. В 1868 было налажено телеграфное сообщение между Баку и Тифлисом, а в 1883 — железнодорожное сообщение. В 1897 началось строительство нефтепровода Баку — Батуми. Баку превратился в культурный и промышленный центр Азербайджана: в 1870-е годы открылись азербайджанский национальный театр, реальное и нефтяное училища, в 1894 была основана первая азербайджанская библиотека, затем было открыто первое женское училище и построена текстильная фабрика.
В начале 20 в. продолжается стремительный рост Баку, на долю которого в то время приходилось 50% мировой добычи нефти и 95% нефтедобычи России.
В 1911 была основана наиболее крупная нелегальная политическая партия «Мусават». Число ее членов существенно увеличилось после 1917. Важнейшими составляющими мусаватистской идеологии были светский национализм и федерализм (азербайджанская автономия в рамках более крупного государства). Правая и левая фракции партии расходились по ряду вопросов, в частности по земельной реформе. Возглавлял «Мусават» М.Э.Расулзаде, разделявший взгляды левой фракции.
Первая независимая республика. Бакинский совет рабочих депутатов 15 ноября 1917 провозгласил советскую власть в Баку. К весне 1918 советская власть установилась не только в Баку и на Апшеронском полуострове, но и в некоторых прибрежных уездах Азербайджана. К руководству пришел Бакинский совет народных комиссаров во главе со Степаном Шаумяном. Однако продержалась советская власть всего несколько месяцев.
Мусаватистский Временный Национальный Совет Азербайджана 28 мая 1918 провозгласил независимую Азербайджанскую Демократическую Республику (АДР) со столицей в Гяндже. Республика просуществовала 23 месяца, при этом с мая по октябрь 1918 была оккупирована Турцией, а с ноября 1918 по август 1919 — Великобританией. Турция, присоединившаяся в 1914 к австро-германскому блоку, в конце октября 1918 капитулировала перед войсками Антанты. Британские войска в августе заняли Баку, а в сентябре распустили Бакинский Совет народных комиссаров. После этого менее чем за год в республике сменилось пять правительств; все они были сформированы партией «Мусават» в коалиции с другими партиями. Премьер-министром первых трех правительств был Фатали Хойский (Хан-Хойский), последних двух — Насиб Юсуфбеков. Главой государства считался заочно избранный 7 декабря 1918 председатель парламента А.М.Топчибашев. В этом качестве он представлял Азербайджан на Парижской мирной конференции 1919–1920. Выживание независимого Азербайджана после вывода британских войск в августе 1919 полностью зависело от исхода гражданской войны в России. Весной 1920 победа оказалась на стороне Красной Армии, и 28 апреля 1920 ее части вступили в Азербайджан. В тот же день было сформировано советское правительство Азербайджана во главе с Нариманом Наримановым.
Советский период. История советского Азербайджана началась с подавления вооруженных мятежей. В декабре 1922 Азербайджан, Грузия и Армения образовали временное государственное объединение — Закавказскую Социалистическую Федеративную Советскую Республику (ЗСФСР), которая 30 декабря 1922 вошла в состав СССР.
В 1930-е годы в СССР начались массовые чистки, в которых участвовал первый секретарь ЦК и Бакинского комитета КП(б) Азербайджана М.Дж.Багиров. В 1936 ЗСФСР была распущена, а Азербайджанская Советская Социалистическая Республика была включена в состав СССР как самостоятельная республика. Азербайджанские турки стали официально называться азербайджанцами, их национальный язык получил название азербайджанского.
Вторая мировая война. Германские войска, вторгшиеся в СССР во время Второй мировой войны, в июле 1942 вышли к Большому Кавказскому хребту, но так и не вступили на территорию Азербайджана. Многие азербайджанцы сражались в Красной Армии. Ввод частей советской армии на территорию Ирана способствовал возрождению паназербайджанских настроений и идеи объединения Иранского и Советского Азербайджана. Под давлением западных держав Советский Союз вынужден был вывести свои войска за р.Аракс.
Послевоенный период. В послевоенные годы сталинская политика репрессий была продолжена. Хрущевская «оттепель» (1955–1964) была периодом ослабления контроля в области литературы и в общественной жизни. В то же время эта эпоха ознаменовалась новой антиисламской кампанией и политикой «сближения наций», которое должно было привести к слиянию всех народов СССР в «новую историческую общность» — советский народ.
Кризис нефтяной отрасли в 1960-е годы привел к сокращению инвестиций в экономику Азербайджана. В 1969 Союзные власти назначили первым секретарем ЦК Коммунистической партии Азербайджана Гейдара Алиева. В 1982 Алиев стал членом Политбюро ЦК КПСС, а в 1987 вернулся в Азербайджан.
Революция в соседнем Иране (1978) способствовала возрождению исламизма в Азербайджане. В ответ на рост иранского влияния был вновь выдвинут лозунг «Единого Азербайджана». В 1988 начали появляться независимые издания и политические организации. Из этих организаций самой мощной оказался Народный фронт Азербайджана (НФА).
В январе 1990 в НФА произошел раскол между консервативно-исламистским и умеренным течениями. Большинство лидеров НФА были арестованы. На альтернативных выборах, проведенных в сентябре 1990, коммунисты получили ок. 90% голосов и были обвинены в фальсификации результатов выборов.
Независимый Азербайджан. После провала попытки государственного переворота 1991 (ГКЧП) Верховный Совет республики 30 августа 1991 провозгласил независимость Азербайджана. Затем последовал роспуск Коммунистической партии Азербайджана. В сентябре 1991 последний руководитель ЦК КП Азербайджана Аяз Муталибов был выбран первым президентом республики. Его поддерживал избранный в сентябре 1990 Верховный Совет, большинство мест в котором занимали представители компартии. Оппозиционные партии создали альтернативный орган власти — Национальный совет.
18 октября был принят конституционный акт о государственной независимости Азербайджана, одобренный 95% граждан, принявших участие в референдуме 29 декабря 1991.
Тем временем разгорелся конфликт в Нагорном Карабахе. В начале 1992 была провозглашена независимость Нагорного Карабаха. В последовавшей за этим войне между Арменией и Азербайджаном преимущество оказалось на стороне армян. Неудачи в Нагорном Карабахе послужили причиной отставки Муталибова, который был смещен в марте 1992.
В июне 1992 на президентских выборах был избран Абульфаз Эльчибей, лидер националистически настроенной группы оппозиционных партий и, в частности НФА, бывший диссидент и политзаключенный, за которого было отдано более 60% голосов. Эльчибей выступал против членства Азербайджана в СНГ, за сближение с Турцией и расширение связей с иранскими азербайджанцами.
Снижение жизненного уровня граждан, поражение азербайджанских войск в Нагорном Карабахе, неудачные решения Эльчибея в области внутренней и внешней политики, поставившие республику на грань гражданской войны и экономического хаоса, вызвали недовольство населения. В начале июня 1993 в Гяндже под руководством полковника Сурета Гусейнова был поднят мятеж. Власть в Баку перешла к Алиеву, который быстро укрепил свои позиции. Официально Эльчибей был отрешен от поста президента референдумом, проведенным в августе. В октябре 1993 президентом Азербайджана был избран Алиев, который в 1998 был переизбран на второй срок.
В октябре 1994 премьер-министром Суретом Гусейновым и силами Отряда полиции особого назначения (ОПОН) под руководством братьев Ровшана и Махира Джавадовых была предпринята попытка государственного переворота. Повторную неудачную попытку переворота братья Джавадовы при помощи ОПОН МВД Азербайджана и при поддержке оппозиции предприняли в марте 1995.
По прогнозам, в 21 в. Азербайджан будет играть существенную роль в поставках энергоносителей на мировой рынок. В настоящее время азербайджанская нефть поступает к черноморским портам по двум нефтепроводам, имеющим пропускную способность в 25 млн. т в год. Один из них, северный, протянут через территорию России в Новороссийск, второй, западный, идет через территорию Грузии до терминала близ порта Супса. Принято решение о строительстве нефтепровода от Баку через Тбилиси и до турецкого порта Джейхан на побережье Средиземного моря. В то же время территория Азербайджана является важным транзитным путем для транспортировки нефти из закаспийского региона. В 1997 танкерами через Каспийское море и далее по железной дороге через территорию Азербайджана было перевезено ок. 2 млн. т нефти.
Другой важной проблемой является раздел ресурсов Каспийского моря. 6 июля 1998 президенты России и Казахстана подписали в Москве соглашение о разделе ресурсов северного сектора Каспийского моря. На повестке дня стоит вопрос о достижении соглашения на уровне глав всех пяти государств, имеющих выход к Каспийскому морю, — России, Азербайджана, Туркменистана, Казахстана и Ирана.
12 января 2003 в Кливлендской клинике (США, шт. Огайо) в возрасте 80 лет скончался бывший президент Азербайджана Гейдар Алиев (1923–2003).